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笛卡儿的哲学著作往往以讲述他的个人经历开始。比如在他出版的第一本书《谈谈方法》中，他写道：“我自幼受书本教育……我进的是欧洲最著名的学校（亨利四世公学），我重视学校里的各种训练。我很明白：学校里教的语言文字，是通晓古书的必要条件；寓言里的机智，可以振聋发聩；史传上的丰功伟绩，可以激励人心；精研史册，可以有助于英明善断……
神学指引升天大道；哲学教人煞有介事地无所不谈，博得浅人敬佩。”后面他又说：“我那时在日耳曼，成天独自关在一间暖房里，有充分的闲暇跟自己的思想打交道。”但这些自传性内容不是在记录他生活中的事件，而是个人自我教育的历程，而且主观的视角随后将被更加普遍、客观的视角取代。
笛卡儿认为，哲学中有无数的冲突，他希望使哲学成为一个演绎体系，像欧几里得几何一样，从确定而真实的公理出发，经过推演得出推论。这样他就需要找到绝对确定的前提。为此，他通过有条理的怀疑把所有可疑的命题过滤掉。首先，感官会欺骗我们，我们甚至连自己是醒着还是在做梦都搞不清，甚至有可能有一个魔鬼不知不觉地向我们灌输错误观点。我们怎样才能知道我们不是在被这样一个恶魔所骗？有没有任何东西能通过这种测验？笛卡儿说，有的：原则上，他不能怀疑他是有意识的。即使他怀疑一切，他也无法怀疑他在怀疑，因为出现了一个确定的前提：我思故我在。
但是用这个前提重建知识前，笛卡儿说他还要考察上帝是否存在，也许上帝欺骗我们，让我们以为自己看清了自己的心灵。因此笛卡儿开始证明不骗人的上帝的存在：他拥有一个有关完美存在的观念，而他自己是一个不完美者，因为他充满着怀疑和不确定。完美存在的观念只能被一个完美的存在引起，也就是由上帝引起的，所以上帝是存在的。
笛卡儿声称，存在着灵魂和物质这两种实体。灵魂是能动的、无形的、不朽的，身体是被动的、有广延的、有死的。但人类是一个很独特的混合体，其理性的心灵能够移动粗野的物质。1643年，波西米亚国王年轻漂亮的女儿伊丽莎白公主问笛卡儿，人类何以能够做到这一点，笛卡儿表演了他奇特的哲学应变能力，但仍无法让公主满意，只好希望通过恭维她的身体和灵魂做些弥补。
笛卡儿希望成为新时代的亚里士多德，成为百科全书式的人物，建立一个无所不包的哲学体系，用新的形而上学和新方法给出亚里士多德式哲学声称要提供的物理学、医学和伦理学答案。他著有《论世界》、《折光学》、《气象学》、《论人》。
埃里克·马修斯（Eric Matthews）指出，笛卡儿科学的一面在法国后来变得很薄弱。“人们常说法国哲学是笛卡儿式的，但对这种描述要谨慎处理：笛卡儿的遗产是不明确的，它有些方面在法国哲学中更为突出。笛卡儿既是奥古斯丁式的主体性哲学家，又是伽利略式的现代物理学的倡导者。
他思想中的后一个元素只被那些有科学倾向的哲学家分享了，如马勒伯朗士、孔迪亚克、孔德，一直到逻辑经验主义者和实证主义者。更具法国特质的传统是笛卡儿思想中的其他因素的影响：选择以我思为原点的向主体性的回归。16、17世纪的其他哲学家如蒙田和帕斯卡尔向主体性的撤退比笛卡儿更加明确，他们认为，智慧始于拒斥没有人情味的几何精神，在内心寻找真理跟寻找物理学的基础的欲望很难共存。”直到后来的德里达等人都更偏向人文。
1649年9月，瑞典女王克里丝蒂娜邀请笛卡儿到斯德哥尔摩给她讲哲学，她派了一艘军舰去接笛卡儿。本来不好社交的笛卡儿居然接受邀请。在瑞典宫廷里要每天早晨5点讲课，大大违反他的晚起习惯，寒冷的天气导致这位体格孱弱的哲学家得了肺炎，于1650年2月去世，享年54岁。由于笛卡儿是天主教徒，而瑞典是新教国家，他被埋在没受洗的孤儿和传染病人的墓地。按照天主教的神学，这意味着笛卡儿的灵魂不得进入天堂。
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