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《合伙企业法》第六条明确规定：“合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照国家有关税收规定，由合伙人分别缴纳所得税。” 《财政部、国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税【2008】159号）第二条明确规定：“合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。”
可见，合伙企业的生产经营所得及其他所得，应由合伙人分别缴纳所得税，合伙人应为纳税义务人。合伙人应根据自然人或法人的不同身份分别纳税，合伙人为自然人的，缴纳个人所得税；合伙人为法人或其他组织的，缴纳企业所得税。这一点在实践操作中是没有争议的。
《财政部 国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税[2008]159号）第三条规定：合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则。于是乎，有观点认为:按照“先分后税”原则，合伙企业不是一个独立的纳税实体，仅是合伙人的投资管道和税收管道。根据上述规定内容，应当先由合伙企业向合伙人分配所得，然后由合伙人自行纳税。
对此，我们持不同观点。我们认为，此处规定的“先分后税”只是一个“原则”，且其中的“分”并不是直接分配所得的意思，而是在税收处理上，将合伙企业的利润按相关规定计算至每个合伙人个人名下，以合伙人作为纳税主体计算纳税所得。
我们认为，自然人合伙人的所得税应当由合伙企业代扣代缴。
《个人所得税法》第八条规定：个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》第二十条规定：投资者应向企业实际经营管理所在地主管税务机关申报缴纳个人所得税。投资者从合伙企业取得的生产经营所得,由合伙企业向企业实际经营管理所在地主管税务机关申报缴纳投资者应纳的个人所得税,并将个人所得税申报表抄送投资者。 可见，以自然人身份缴纳个人所得税的合伙人，应以支付其所得的合伙企业为扣缴义务人。
目前，对于法人及其他组织形式的合伙人，法律并无明文规定合伙企业具有代扣代缴义务，只具有代为申报义务（区分意义在于，合伙企业代为申报违规，税务机关将处以2000元以下的罚款；而代扣代缴违规，税务机关将处以不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款）。但在实务当中，部分地区税务部门建议合伙企业代扣代缴，许多合伙企业也实际履行了代扣代缴义务。
附：相关法律法规 1、《合伙企业法》第六条：合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照国家有关税收规定，由合伙人分别缴纳所得税。 2、《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税问题的规定》第三条：合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。 3、《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税问题的规定》第五条：合伙企业的投资者按照合伙企业的全部生产经营所得和合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额，合伙协议没有约定分配比例的，以全部生产经营所得和合伙人数量平均计算每个投资者的应纳税所得额。 4、《财政部、国家税务总局关于印发<关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税问题的规定>的通知》（财税【2000】91号）附件一第三条：合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。 5、《财政部、国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税【2008】159号）第二条：合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。 6、《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》第二十条：投资者应向企业实际经营管理所在地主管税务机关申报缴纳个人所得税。投资者从合伙企业取得的生产经营所得，由合伙企业向企业实际经营管理所在地主管税务机关申报缴纳投资者应纳的个人所得税，并将个人所得税申报表抄送投资者。 7、《财政部 国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税[2008]159号）第三条：合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则。具体应纳税所得额的计算按照《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税[2000]91号）及《财政部 国家税务总局关于调整个体工商户个人独资企业和合伙企业个人所得税税前扣除标准有关问题的通知》（财税[2008]65号）的有关规定执行。 前款所称生产经营所得和其他所得，包括合伙企业分配给所有合伙人的所得和企业当年留存的所得（利润）。 8、《财政部 国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税[2008]159号）第四条：合伙企业的合伙人按照下列原则确定应纳税所得额：（一）合伙企业的合伙人以合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额。（二）合伙协议未约定或者约定不明确的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人协商决定的分配比例确定应纳税所得额。（三）协商不成的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人实缴出资比例确定应纳税所得额。（四）无法确定出资比例的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人数量平均计算每个合伙人的应纳税所得额。合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人。 9、《财政部 国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税[2008]159号）第五条：合伙企业的合伙人是法人和其他组织的，合伙人在计算其缴纳企业所得税时，不得用合伙企业的亏损抵减其盈利。 |
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