【原】科研菜鸟如何搞定PCR引物

作者：解螺旋.静静（本文为解螺旋征稿）

如需转载请注明来源：解螺旋·医生科研助手

导语

PCR是生物科学中常见的实验方法，而那些网上的教程对于初学者来说还是过于复杂了，这次解螺旋吐血介绍种炒鸡简单的方法来做PCR。

菜鸟科研汪一枚，最近刚拿到标书。。。额-_-||，居然要设计pcr引物，这么高端的工作，还是交给我亲爱的师兄吧，哈哈哈！！！

"偷什么懒，网上这么多方法，自己不会学呀！！！"，额-_-||，说好的亲师兄呢？！！！

好吧，那就让我自立自强吧。

额-_-||，这些个方法也忒复杂了吧，动不动就下软件，搜基因，查找对应的mRNA，复制目标序列，再下软件，pick primers，再逐条blast。。。醉醉哒。。。醉醉哒。。。关键是大前提还必须要学会个什么黄金法则！！！

你妹儿！！！我要弄这么多条引物，还要不要人活了呀！！！电视剧不用看了呀，淘宝不用逛了呀，恋爱不用谈了呀。。。我想静静。。。（好吧，其实我就叫静静，昂~，好害羞啊）

好吧，差不多得了。。。写这里重点也应该来了，用脚趾头想都知道，如我一般懒的同学当然不会就此罢休咯，一番痛苦挣扎以后，静静发现了一个超级简单的方法哟。。。

！以下图片请点击查看清晰大图  ！

首先呢，进入pubmed （http://www.ncbi.nlm./pubmed/）在gene栏搜索指定基因（例如：erk2）；

在下一个界面找到其mesh词：MAPK1及其ID：5594；

 
 

然后在浏览器中打开另一个网页primerbank （https://pga.mgh./primerbank/），选择NCBI Gene ID,在For text中 输入该基因ID：5594，点击submit;

接下来就是见证奇迹的时刻。。。没错，就是这么简单粗暴，下面三条序列任你挑。。。

哈哈哈，你不会真的以为就这么结束了吧？居然还有比我更懒的人-_-||，你真的敢用？

 

哎哟，亲爱的，序列是有了啦，但是我们还要检验一下是不是真的靠谱好么。

 

所以下一步呢，我们就是打开这个网页https://www.ncbi.nlm./tools/primer-blast/index.cgi?LINK_LOC=BlastHome，在图示对话框中输入上图得到的三条引物中的任意一条的前引和后引(例如：第一条序列TACACCAACCTCTCGTACATCG 和 CATGTCTGAAGCGCAGTAAGATT)，然后点击页面底部的get primer图标;

耐心等待。。。等待。。。等待。。。待。。。

终于出来了，现在呢，这条引物序列能扩增出来的产物的基因都在下面了，记住哟，保留好这个界面哟，一会儿还要用呢。。。

 

所以，现在再次打开你的pubmed，在nucleotide对话框中输入刚才查到的mesh词，点击search后得到如下图所示的界面；

 

再点击画绿圈圈的Transcript (2)，就得到下面两条转录异构本啦；

最后，将这个界面中画红线的代码与前面那张保留界面中划红线部分的代码进行比较，完全匹配的话（数量相同且代码都能找到对应的，某些转录异构本太多的除外），那么，恭喜你，你已经成功找到了你想要的引物序列。。。

等会儿？？？如果不匹配呢？

 

额-_-||，那就把另外两条序列用上面同样的步骤进行检验呀，放心啦，这个方法可以搞定大部分常见的引物序列了。。。

 

但是。。。但是如果三条都不匹配呢？！！！

 

咳咳，这位同学，你是隔壁实验室派来砸场子的吧。。。

好吧，如果都不匹配，那就按照我前面简写的方法，老老实实学习引物设计的方法。

 

年轻人，要脚踏实地，不要整天想着这些歪门邪道！！！再见