在弹出窗口中输入关键词即可: 题目是最近小张与一位朋友在聊课题的时候聊到的问题,在讲这个问题之前先说一下这位朋友的研究背景:他研究的课题是lncRNA促进肠癌细胞增殖的功能和机制研究,他首先从实验室完成的RNA-Seq数据中挑选了15条在肠癌样本中高表达(与对照相比)的lncRNA, 然后通过qPCR做了验证,结果发现10条是表达上调的。接下来他根据这10条lncRNA的序列设计和合成shRNA序列,构建载体包装病毒感染肠癌细胞,可是问题来了:细胞的感染效率很高(80%以上),可是检测lncRNA的干扰效率时,有5条的lncRNA干扰效率达不到30%,甚至有2条lncRNA干扰效率只有10%,所以非常郁闷。这个问题估计很多人遇到过,我记得后台也有朋友问过,今天来讨论下。 首先我们从RNA干扰的过程和原理说起: RNA interference (RNAi) is a biological process in which RNA molecules inhibit gene expression, typically by causing the destruction of specific mRNA molecules. RNA干扰的原理图 在这里,我们从红框可以看到RNA干扰是发生在转录后水平胞浆内的,也就是说RNA要被干扰就要定位在胞浆中,mRNA我们知道是在胞浆里面,所以在做编码基因研究的时候没有问题;但是,lncRNA就不同了:lncRNA转录是发生在细胞核内,有的lncRNA特异性的定位于胞浆(出细胞核),有的特异性的定位于胞核,有的两者兼而有之,看到这里大家应该明白今天问题的答案了:尽管你设计的干扰序列是针对lncRNA的,但是如果lncRNA躲在细胞核内不出来,即使病毒转染效率再高也没什么卵用。就像荆轲刺秦王,你剑术再高,再牛逼,够不着我有什么用?! 其实,这里又回到了上次我们说过的一个问题:分子的定位,关于这点我们上次写过一篇文章(一个lncRNA研究常忽视的关键点),当时举例说的是大家最喜欢用的ceRNA作用机制需要注意lncRNA的定位,大家再看RNA干扰原理图中的microRNA和siRNA在RNA降解这点上几乎完全一样,就会明白这两篇文章说的完全是一个问题!这里还有一个问题,如果lncRNA在胞核与胞浆中都存在,在沉默的时候需要分别考虑。 好了,上面问题的解决导致一个新问题的出现:如果lncRNA定位在细胞核不出来,RNAi这个技术不能用了,该如何对lncRNA进行沉默呢?这个问题的答案是这张图: 来源:Considerations when investigating lncRNA function in vivo.Elife. 2014 Aug 14;3:e03058. |
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