目前应用于水产的有益菌主要有芽孢杆菌、乳酸菌、酵母菌、光合细菌、放线菌、蛭弧菌、硝化细菌、硫化氢氧化细菌等大类。表面看来难有区别，但是如果能从菌类产品的生产过程和研发过程来考察，菌类产品的优劣一目了然。笔者依据有益菌的生产研发过程，将菌类产品分为三个等级。
第一类菌类产品为精品，其菌种经过严格筛选。菌种保存、提纯复壮、鉴定、评价过程标准化，其培养基、培养用水均经过严格灭菌，生产过程培养条件严格可控；如果为复合菌，其菌种之间的生态关系，会经过严格论证，直至复合菌种之间为最优组合。此类产品菌种活力强、菌数高、功能强，不含杂菌。由于生产条件苛刻，科研投入较多，其成本较高。
第二类菌类产品，其菌种也是定期提纯复壮，定期测量其功能。产品的培养基和培养用水也是经过灭菌，生产条件可控。此类产品也是菌种活力强、菌数高、功能强，杂菌少。由于专业性强，其成本相对较低。
第三类菌类产品，没有菌种保存、提纯复壮等一系列过程，直接采购菌种，或者直接购买优秀菌类产品充当菌种，生产过程粗放、培养条件不可控，培养基和培养用水不经过消毒灭菌。故此类产品质量不稳定，杂菌多、菌数不可控。所以有时为了保证菌类产品性状的稳定性，不惜采用染料。
从分类来看，第三类菌类产品质量不稳定，杂菌多、菌数不可控，应为不合格品。但事实上，从外观“使用效果”上来看，第三类菌类产品性价比高于第一类菌类产品和第二类菌类产品。这是为什么？
二、使用效果
由于有益菌进入水体后，其效果快慢决定于有无适宜环境和产物多少。而这需要在适当的时候大剂量的使用。否则有时看不到所谓外观上效果。
而第三类菌类产品由于使用量大，其培养基可以促进水体中藻类的繁殖，在外观上其效果要好于优秀的菌类产品。反而优秀的菌类产品由于在外观上效果不明显，很多养殖户选择不使用或少用优秀菌类产品。
那优秀菌类产品到底有没有效果，性价比如何呢？
笔者认为优秀的菌类产品在稳定水质、抑制病原体方面有不可替代的作用。其性价比不能简单用水色和水质指标来评价，而应该用对整造养殖的贡献和水的稳定性来评价。定期使用优秀的菌类产品可以大大降低水体病原体滋生的机会，让鱼虾养殖变的很容易。而第三类菌类产品虽然有时在外观上其效果要好于优秀的菌类产品，但由于抑制病原体能力有限，甚至有可能带入杂菌，导致外源性病原体入侵，加大了养殖风险。
优秀的菌类产品虽然在定期使用时，使用量小，有时看不到所谓外观上效果，但是如果能够抓住机会，大剂量使用菌类产品，同样具有意想不到的效果。笔者曾经用大剂量的光合细菌控制鱼虾浮头和池塘“反底”，效果显著持久。
总之，菌类产品靠有益菌数量及其产物起作用，没有刺激性，没有残留，找准机会，用够剂量，既可以调水，又可以控制病原体，是不可替代的产品。从长远来看，其成本不高。
三、使用方法
1、菌类产品靠有益菌数量及其产物起作用，不管外观上效果如何，应定期使用优秀菌类产品。
2、养殖过程中，特别是南美白对虾养殖过程中，尽量使用菌类产品来解决问题。这样在解决问题的同时，又可以防止病原体滋生。
3、菌类产品虽然可以分解残饵和粪便，但是都有极限，要在正确的养殖方法和配备足够增氧机前提下才能发挥作用。
4、光合细菌摄食小分子有机物和异氧细菌产物，所以在水质恶化时使用效果较明显。去除硫化氢效果明显，可用于除臭。直接抑制弧菌能力不强，但可以用于改变弧菌生存环境，达到间接抑制弧菌的作用。
5、芽孢杆菌种类繁多，主要功能是分解大分子有机物，其产物有絮凝作用，故可以用于净水、爽水。抑制弧菌能力强。由于分解有机物需要大量氧气，故早期使用较多。一般和光合细菌搭配使用。
6、干净卫生的菌类产品在改善肠道菌群平衡，防止病原体入侵方面一样可以发挥很大作用。一般内服用菌有芽孢杆菌类和乳酸菌类。作用虽慢，但持久。
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