08、beta

一、大部分的基因都有beta-action基因和GAPDH基因，很多Affymetrix芯片都将它们设为一组观察RNA降解程度的内参基因。mRNA是按照5’至3’的顺序来降解的，通过比较它们3’相对于中间或者3’相对于5’的信号强度，可以很好地指示出试验质量。

 

二、beta-action基因对应的探针组：

AFFX-HSAC07/X00351_3_at

AFFX-HSAC07/X00351_5_at

AFFX-HSAC07/X00351_M_at

 

GAPDH基因对应的探针组：

AFFX-HUMGAPDH/M33197_3_at

AFFX-HUMGAPDH/M33197_5_at

AFFX-HUMGAPDH/M33197_M_at

 

三、以样品GSM362947_LTT.CEL和GSM362948_LTT.CEL为例：

library(yaqcaffy)

rawData<-ReadAffy("GSM362947_LTT.CEL","GSM362948_LTT.CEL")

 

qcResult<-qc(rawData)

> qcProbes(qcResult)

                  AFFX-HSAC07/X00351_3_at AFFX-HSAC07/X00351_5_at

GSM362947_LTT.CEL                11.71851                10.79642

GSM362948_LTT.CEL                11.78234                10.14348

                  AFFX-HSAC07/X00351_M_at AFFX-HUMGAPDH/M33197_3_at

GSM362947_LTT.CEL                11.15068                  11.58672

GSM362948_LTT.CEL                10.91070                  11.74464

                  AFFX-HUMGAPDH/M33197_5_at AFFX-HUMGAPDH/M33197_M_at

GSM362947_LTT.CEL                  11.27360                  11.32698

GSM362948_LTT.CEL                  11.26303                  11.61652

 

> ratios(qcResult)

                  actin3/actin5 actin3/actinM gapdh3/gapdh5 gapdh3/gapdhM

GSM362947_LTT.CEL     0.9220925     0.5678285     0.3131202     0.2597466

GSM362948_LTT.CEL     1.6388639     0.8716467     0.4816172     0.1281214

 

 

这些探针组的表达值是用JustMAS算法得到的。观察以上数值可以得出这样的结论：

actin3/actin5的值等于AFFX-HSAC07/X00351_3_at的表达值减去AFFX-HSAC07/X00351_5_at的表达值；actin3/actinM的值等于AFFX-HSAC07/X00351_3_at的表达值减去AFFX-HSAC07/X00351_M_at的表达值……

 

事实上，比值=log2(a)/log2(b)=log2(a-b)，但是这些探针组表达值已经取了2的对数，所以两数相减就是结果了