如何用ClustalX和TreeViewX进行多序列比对并生成系统发育树？附软件下载

很多软件可以进行多序列比对，小编比较常用而且觉得比较好用的是ClustalX，本文介绍ClustalX以及TreeViewX的使用

    在文章中，我们经常看到类似如下的图片：

是不是感觉很深奥，很难的样子？其实没那么难，我们来学习如何绘制这样的图片。

1. 首先下载并安装好ClustalX，注意安装的路径中不能有中文，下载地址在文末。

2. 既然是多序列比对，那么我们需要找到各个序列，我们以不同物种的p53的CDS区为例来介绍如何进行多序列比对，以及系统进化树。

3. 我们下载了不同物种的p53的FASTA格式的序列，将其放在同一个txt里面，同时我们只保留物种名。注意这个txt文本的路径中也不能有中文字符。

4. 打开ClustalX，执行File->load sequence，选择上面的txt文本，打开如下：

5. 接下来设置多序列比对参数，在菜单栏Alignment ->Alignment Parameters 选择多序列比对参数，这里的参数如果不明白什么意思可以去查下学习下，我们直接使用默认的参数就可以。

6. 在Alignment -> output format options里面，我们设置导出的格式，我们把PHYLIP勾上。

7. 然后执行菜单栏 “Alignment-> Do Complete Alignment”，会提示保存路劲，注意这里面路径也不能有中文字符：

8. 导出的文件中，dnd是向导树文件，aln是比对文件，phy是phylip软件的格式，都可以直接用记事本打开。操作之后，软件界面如下，显示了比对的结果，带有 * 号的标识完全匹配，下面灰色的柱状图高低代表匹配的程度。

9. 我们再执行 'Trees' -> 'Draw Trees'，画出树形图。

10. 我们下载Treeview X，并安装好，然后打开上面的sequence.ph文件：

11. 我们可以更换显示效果，点击工具栏的图标得到如下结果：

投稿作者：Qaq-zdu