教你做一篇6分的SCI，重点还不怎么花钱

上次集满200人就开的猴哥直播课，没参加上的同学们请戳下方观看 :

( 适用对象：老板不是大牛、没啥科研经费、自己又不会编程、挣扎着毕业的同学 )

文章实在太长，必须提前预告下文末有彩蛋

说要给大家讲讲怎么发篇够博士毕业的meta分析的SCI，这可不是噱头，猴哥自己就是最典型的例子（猴哥武大的）。

做个简单的芯片meta分析只能发3、4分的文章，想要博士毕业，再接下去往深了做，探究下机理啥的。猴哥说，生信结合实验发表6分文章妥妥的，而且只要做浅浅的实验。

老板腿太细，只能心疼抱紧自己的同学可以学学猴哥发的这篇SCI:

Integrated analysis identifies microRNA-195 as a suppressor of Hippo-YAP pathway in colorectal cancer.

J HEMATOL ONCOL.   2017   IF 6.263   PMID:28356122

想取经的看过来，简单剖析下猴哥的文章

研究概要

猴哥主要研究结直肠癌，而很多结直肠癌相关的miRNA芯片数据不一致，单张芯片出筛选作为诊断或预后标志物的miRNA标准又不一样，所以结论也不具通用性。

猴哥就此问题展开，收集了7张芯片的773例原始数据，先筛出一致性的24个miRNA，最后聚焦到miR-195，研究了它的生物学功能和分子机制，一篇博士文章就出来了。

课题拆解

拆解下就是重点解决下面几个问题：

1

现有的芯片研究中共有的miRNA标志物有哪些？

2

怎么从候选标志物中筛选确定实验研究对象miRNA-195？

3

miRNA-195的生物学功能和分子机制怎样？

常规的芯片meta分析+常规的miRNA 研究，两者一结合就能发一个比较好的文章，重点是省钱。

研究过程

首先解决第一个问题：miRNA表达谱芯片数据收集及整合分析。这部分具体步骤可参考之前的课程——芯片meta分析介绍与案例演示（网址：http://college./video/87uire3.html）。

因为研究抑癌，挑选11个下调的miRNA作为候选对象。

第二个问题，从候选的11个miRNA中挑出一个或几个进行深入研究。

缩小范围，首先和TCGA中的数据进行比较，筛出表达一致的，共有四个：let-7a、miR-125b、miR-145、miR-195。

再结合临床数据来判断4个miRNA的诊断、预后价值，筛选出了低表达预后不良的miR-195。

miR-195在逻辑上已经可以作为接下去的研究对象了，那它现在研究情况如何？如果人家都研究透了，那game就over了。

可以从基因雷达中看下它的科研热度，pubmed中63篇，还好还好，研究的不多。点击进去可以看具体文献的研究进展。

基因雷达网址：https://www./gcanalyze/html/generadar/index

做生存曲线网址：http:///analysis/

预后分析代码  http://www./1314.html

tcga数据库基因做生存分析： http://www./

点这看诊断ROC曲线的制作

最后一个问题，miR-195的生物学功能和分子机理

这步就回归到miRNA的研究套路了，研究miRNA首先找到它的靶基因，看它可能作用在哪些功能通路。猴哥找到了潜在的YAP-1基因，具体过程视频里有。

寻找靶基因和功能通路的方法工具很多，小白可以选GCBI的在线实验室，miRNA的分析方案可以画这样，差异分析、靶基因、通路、互作网络一个方案全搞定，点击执行就OK了：

GCBI在线实验室网址：https://www./gclab/html/index

找到了潜在的靶基因，猴哥说只要浅浅的实验就好，来看下是不是。猴哥做的实验：

1、细胞和组织水平验证miRNA-195和YAP-1的表达和预后。

2、抑制细胞增殖和转移实验

   （BrdU染核、MTT法、划痕实验等）

3、动物实验

   （种瘤、Qrt-pcr、wb验证、免疫组化）

4、靶基因验证和回复实验

 

所有具体细节戳上方视频。