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发表杂志：Cell Rep. 影响因子：9.420 关于基因集泛癌分析，我们也推过很多文章 11.6分，最热复合物泛癌纯生信分析！想发高分纯生信不容错过 11分+SCI 基因集泛癌纯生信分析，两个多月接受，可重复！ 我们可以综合各个文章中的内容，换成新的基因集/复合物/通路/基因家族等进行分析。如果需要的话可联系小编预定 请扫描下方二维码 研究背景 流程图 分析解读： 体细胞拷贝数改变(SCNA)和突变分析 ①根据文献将19个主要通过Hippo途径起作用的基因定义为Hippo核心基因。 ②计算TCGA数据库中9125名患者的泛癌队列中的体细胞拷贝数改变(SCNA)和突变频率。 结果： 下图A：19个Hippo通路核心基因图。红色代表促癌基因，蓝色代表抑癌基因。 下图B：19个Hippo通路核心基因的基因突变和拷贝数改变的瀑布图。每行代表一个基因，每列代表一个样本。致癌基因以红色突出显示。 下图C：每种癌症类型中癌基因的显著扩增和抑癌基因的缺失。点大小表示显著性水平；颜色表示状态（红色：扩增；蓝色：缺失）。 下图D：每种癌症类型中Hippo通路核心基因的突变频率热图。颜色表示突变频率，在癌症类型中突变频率较高用深色表示。 下图E：Hippo通路DNA突变负荷相对于每种癌症类型的基因组图。条形图显示了在具有相同数量和相同基因长度的Hippo通路基因的1000个随机样本集的分布中观察到的突变负荷的最高百分位数。 YAP1/TAZ扩增和突变模式 ①YAP1和TAZ是Hippo通路的主要下游效应器。 ②分析33种癌症类型中YAP1和TAZ的SCNA模式。 ③分析鳞状细胞癌中YAP1和TAZ的互斥模式。 ④分析YAP1/TAZ体细胞突变的影响。 结果： 下图A：YAP1/TAZ在不同癌症类型中的组合扩增频率。鳞状细胞癌类型用红色标记。 下图B：鳞状细胞癌中YAP1和TAZ的显著互斥模式。每个条形代表一个基因，每列代表患者样本的拷贝数状态。红色代表高水平扩增，粉红色代表低水平扩增，浅蓝色代表杂合缺失，深蓝色代表纯合缺失。 下图C：基于细胞活力测定的YAP1体细胞突变的功能注释。红色表示中度激活，橙色表示弱激活，黄色表示无差异，蓝色表示失活。相对突变位置显示在顶部。 下图D：TAZ体细胞突变的功能注释。 下图E：在4天（上排）和11天（下排）中3种功能性YAP1突变体与野生型相比的细胞图像。 下图F：在4天（上排）和11天（下排）中3种功能性TAZ突变体与野生型相比的细胞图像。 Hippo通路基因的基因表达模式 ①分析15种癌症类型中的mRNA表达以阐明Hippo通路基因的表达模式。 ②根据mRNA表达数据对33种癌症类型的9125个样本进行聚类。 ③为了确定鳞状细胞癌症类型的聚类模式是否特定于Hippo通路，作者对另外9个主要生物学通路进行了相同的共识聚类分析。 结果： 下图A：Hippo成分基因的5个不同的聚类，每个聚类在顶部的行条上用不同的颜色标记。 下图B：样本在5个集群中的分布。每1行是1种癌症类型，每1列代表1个集群。每个单元的数量表示对应聚类中分类的样本数量，红色强度表示样本落入一个聚类的百分比。 下图C：Hippo通路与其他9种主要生物通路的聚类模式比较。 Hippo通路的miRNA调控网络 ①整合mRNA-miRNA的靶序列信息和共表达模式，以确定Hippo通路中潜在的主要调控因子。 ②实验验证预测的TAZ miRNA调控因子（RNA分离，qRT-PCR，Western Blot）。 结果： 下图A：miRNA-Hippo通路基因相互作用网络。miRNA-Hippo基因调控是通过整合序列信息和共表达模式来识别的。 下图B：TAZ 3'UTR与miR-200a-3p和miR-590-3p的结合位点。红色为miR-590-3p的结合区域，紫色为miR-200a-3p的结合区域。 下图C：miR-590-3p转染HCT116和KM12细胞株后TAZ基因表达水平(**p<0.01，***p<0.001)。 下图D：miR-200a-3p转染HCT116和KM12细胞株后TAZ基因的表达水平。 下图E：HCT116和KM12细胞中过表达miR-590-3p后TAZ的相对蛋白表达水平。 下图F：HCT116和KM12细胞中过表达miR-200a-3p后TAZ的相对蛋白表达水平。 YAP/TAZ目标基因对预后的影响 ①检查YAP/TAZ活性与患者总生存时间的相关性。 结果： 下图A：YAP/TAZ目标分数的策划流程图。 下图B：(1)基于mRNA的22YAP/TAZ目标基因评分；(2)根据肿瘤纯度调整后，基于mRNA的22YAP/TAZ靶基因评分；(3)YAP1 mRNA；(4)YAP蛋白；(5)TAZ mRNA；(6)TAZ蛋白；(7)基于蛋白的Hippo通路基因评分；(8)基于mRNA的Hippo通路基因评分与不同癌症类型患者总生存期的关系。 下图C：不同癌症类型患者按YAP/TAZ目标评分分组的Kaplan-Meier生存图。 与YAP/TAZ目标基因相关的生物途径和肿瘤免疫浸润细胞丰度 ①根据与目标评分相关的mRNA表达水平的等级进行基因集富集分析(GSEA)。 ②分析YAP/TAZ目标评分与RPPA数据定义的11个主要信号通路评分在33种癌症类型中的相关性。 ③计算YAP/TAZ目标评分与肿瘤免疫浸润细胞丰度的相关性以推测Hippo通路活性与肿瘤免疫原性之间的潜在相互作用。 结果： 下图A：条形图显示与YAP/TAZ目标基因分数相关的最一致的标志通路(q<0.05)。颜色表示相关方向。 下图B：热图显示肿瘤免疫浸润细胞丰度与YAP/TAZ目标基因分数相关(q<0.05和|corr|>0.3)。红色表示正相关，蓝色表示负相关。 Hippo特异性调控网络的构建 ①基于弹性网络回归方法构建YAP/TAZ目标评分的预测模型。 结果： 下图A：基于弹性网络回归的集成建模工作流程图。针对每种癌症类型，以19个Hippo核心基因的体细胞突变、SCNA、mRNA表达、DNA甲基化、RPPA蛋白表达数据和癌症特异性miRNA调控因子构建弹性网络回归模型来预测YAP/TAZ目标评分。 下图B：9种癌症类型的Hippo调控网络与YAP/TAZ目标评分显示出显著的生存相关性。 小结： 基因集泛癌分析文章列表 11.6分，最热复合物泛癌纯生信分析！想发高分纯生信不容错过 11分+SCI 基因集泛癌纯生信分析，两个多月接受，可重复！ 单基因泛癌分析文章列表 被致谢！2021年7分+单基因泛癌纯生信，投稿到接受30天！ 单基因干湿结合发7.5分SCI，2个月接收，有实验条件的可轻易模仿 6.2分 生信+实验 经典套路，永不过时（一篇单基因泛癌的文章可以拆分成多个肿瘤单独发） 6.2分SCI，从投稿到接收仅38天！刚见刊的单基因泛癌纯生信 非肿瘤生信文章列表 非肿瘤生信+简单pcr验证 快速发3分+SCI 自噬，铁死亡，焦亡等都可以 最新7.5分非肿瘤纯生信，分析一点不难，这种思路你想到没有？ |
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