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务必注意:小鼠上做的人体菌群研究,真未必靠谱~ | 热心肠日报

2017-11-23  tyg0705

今天是第578期日报。

CMLS:利用小鼠模型研究人体菌群,可能并不可靠(综述)

Cellular and Molecular Life Sciences[IF:5.788]

① 小鼠与人体肠道菌群的种类和数量差异很大,虽然两者都主要含有拟杆菌门和厚壁菌门,但仅有4%菌群有高度相似性;② 小鼠和人类在基因层面上很不同,肠道生理结构和生化环境(如肠道各部位构成、大小、pH值、粘膜蛋白等)也迥异;③ 在不同的研究机构,不同品系的小鼠被饲养在不同的居住环境中,它们的肠道菌群不同,对食物的反应也不同;④ 各种复杂因素混合在一起,使得很多小鼠实验无法被重复,必须注意因此会造成人体菌群研究相当不可靠。

Mouse models for human intestinal microbiota research: a critical evaluation

2017-11-09  DOI: 10.1007/s00018-017-2693-8

Nature:菌群与肥胖的复杂关联

Nature[IF:40.137]

① 动物和人体研究均表明肥胖与肠道菌群间存在关联,肥胖个体中厚壁菌门丰度增加、拟杆菌门减少,菌群基因多样性降低;② 动物实验证实了菌群和体内脂肪增加的因果关系;③ 菌群可影响能量获取、饥饿/饱足信号、食物通过肠道的时间,饮食与菌群互相作用产生的炎症和肠道损伤也可促进肥胖;④ 人体多样性远高于实验动物,益生元、益生菌和粪菌移植等减肥方法在人体实验中的有效性大多没有动物实验明显;⑤ Akk菌在人体中的减肥作用仍需临床检验。

Microbiome: A complicated relationship status

2014-04-17  DOI: 10.1038/508S61a

Microbiome:结肠病变患者治疗后的肠道菌群变化

Microbiome[IF:8.496]

① 选取67名受试者(腺瘤22名、晚期腺瘤19名、癌症组26名),通过分析治疗前后的粪便16S rRNA基因序列,对结肠菌群变化进研究;② 腺瘤/晚期腺瘤组治疗前后的菌群变化明显小于癌症组;③ 利用随机森林机器学习算法,可以清晰分辨癌症及腺瘤组治疗前后的样本,而晚期腺瘤的治疗前后样本则无法分辨;④ 癌症组在接受治疗后,结肠菌群的组成趋向于与健康人相似;⑤ 手术治疗组与化疗组、化疗+放疗组之间的结肠菌群组成无显著差异。

Normalization of the microbiota in patients after treatment for colonic lesions

2017-11-16  DOI: 10.1186/s40168-017-0366-3

SR:圈养改变菌群,唯一未被驯化的野马也不能幸免

Scientific Reports[IF:4.259]

① 生活方式显著影响胃肠道菌群的组成和多样性;② 分析唯一没有被人类驯化的马匹——普氏野马(PH),以及居住在临近天然草原上的家养马的粪便菌群;③ 与家养马相比,PH的粪便菌群拥有更独特和多样化的菌群,不同的植物饮食可能部分解释这一现象;④ 在PH群体中,有4匹马曾在欧洲动物园中被圈养,与其他在野生保护区出生的马匹相比,粪便菌群的多样性显著降低;⑤ 人为力量可以重塑胃肠道菌群,这对濒临灭绝的哺乳动物的养护管理具有重要意义。

Evaluating the impact of domestication and captivity on the horse gut microbiome

2017-11-14  DOI: 10.1038/s41598-017-15375-9

IJOS:唾液蛋白与菌群或可用于评估儿童龋齿风险(综述)

International journal of oral science[IF:3.930]

① 口腔菌群和唾液蛋白可作为潜在的预测龋齿风险和预后的生物标志物;② 口腔中的链球菌属被认为是儿童龋齿的主要致病菌,另外,普氏菌属、乳杆菌属以及白色念珠菌也与早期儿童龋齿(ECC)的发生和发展相关;③ 唾液中的蛋白质通过多种先天防御机制影响口腔菌群的存活,调节口腔菌群;④ 唾液中含有富组蛋白、富酪蛋白、α-防御素等多种抗菌肽,唾液中的部分糖蛋白可起到屏障作用,唾液中还存在一些免疫球蛋白,可结合口腔菌群。

Salivary proteins and microbiota as biomarkers for early childhood caries risk assessment

2017-11-10  DOI: 10.1038/ijos.2017.35

NC:菌群通过GM-CSF信号通路防止呼吸道感染

Nature Communications[IF:12.124]

① 菌群通过GM-CSF信号传导通路增强呼吸道防御,细胞外信号激活ERK信号通路,刺激肺泡巨噬细胞杀死并清除病原体,提高肺免疫功能;② 菌群通过刺激产生IL-17A,增加肺部GM-CSF产量;③ 在无菌小鼠体内定殖可培养的共生菌群(来自放线菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门);④ 上呼吸道的Nod样受体刺激细菌(金葡菌和表皮葡萄球菌)和肠道菌群(罗伊氏乳杆菌等)分别通过Nod2和GM-CSF促进呼吸道防御功能,从而抵抗肺部感染。

The microbiota protects against respiratory infection via GM-CSF signaling

2017-11-15  DOI: 10.1038/s41467-017-01803-x

NP:PacBio宏条形编码的误差、偏倚和优势

New Phytologist[IF:7.330]

① 采用第三代测序仪器——PacBio的RSII和Sequel,评估利用转录间隔区(ITS)全长及长rRNA基因扩增子对森林土壤DNA样本中的真菌、卵菌及其他真核生物进行宏条形编码的适用性;② 宏条形编码提示多种错误和偏倚:Taq聚合酶置换错误,PCR、文库制备、上样、质量过滤中的测序长度偏倚,引物-模板错配使分类特征发生偏倚;③ RSII和Sequel平台可测序3kbp扩增子,质量略逊于Illumina;④ ITS条形码和侧翼rRNA小亚基分别在种和门水平上改善分类鉴定。

PacBio metabarcoding of Fungi and other eukaryotes: errors, biases and perspectives

2017-09-14  DOI: 10.1111/nph.14776

FM:一文读懂植物激素与植物益生菌(综述)

Frontiers in Microbiology[IF:4.076]

① 植物利用多种耐受性机制及途径避免非生物胁迫(干旱、温度、盐度、重金属等)造成的影响;② 植物激素是最重要的植物生长调节因子,可影响植物代谢,并在植物对压力的防御反应中起重要作用;③ 根相关菌群可产生细胞分裂素、赤霉素、吲哚乙酸、水杨酸、脱落酸等植物激素,可作为代谢工程的重要靶点,提升植物对环境的耐受性,并改善植物对病原体的抗性;④ 利用植物益生菌补充外源性植物激素,有助于提高作物产量。

Phytohormones and beneficial microbes: essential components for plants to balance stress and fitness

2017-10-31  DOI: 10.3389/fmicb.2017.02104

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