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今天是第591期日报。 Nature子刊：菌群研究数据，应多多共享！Nature Microbiology[IF:N/A] ① 组学研究（宏基因组、转录组、蛋白组以及影像等）带来了大量的研究数据，但是由于年代、技术、特定方法以及样本的不同，菌群数据库很难共享；② 菌群数据库现有：MG-RAST、Qiita及全球天然产物分子网络；③ 云存储平台有NIH cloud Commons，Illumina BaseSpace和Figshare；④ 数据的复杂性、多样性及不够标准化是共享的主要障碍；⑤ 除了公众认可最小报道数据标准外，鼓励/激励数据共享、对生命科学领域人员进行生物信息学培训等是可行办法。 Overcoming hurdles in sharing microbiome data 2017-11-24 DOI: 10.1038/s41564-017-0077-3 NEJM：一文读懂急性移植物抗宿主疾病（综述）New England Journal of Medicine[IF:72.406] ① 急性移植物抗宿主病是同种异体移植中常见且死亡率较高的并发症；② 已知的病理通路为：感染引起组织损伤、受体识别外来的组织相容性抗原、组织修复及保护机制改变、菌群变化引起保护性菌群代谢产物减少；③ 骨髓移植手术中，捐献者骨髓中的免疫活性T细胞将受体视作外来者并攻击宿主，引起皮肤、肝脏、胃肠道病变；④ 免疫抑制剂是治疗该病的主要方法，研究方向还包括IL-6单抗、组蛋白去乙酰化酶抑制剂、蛋白激酶抑制剂和蛋白酶体抑制剂等。 Acute Graft-versus-Host Disease - Biologic Process, Prevention, and Therapy 2017-11-30 DOI: 10.1056/NEJMra1609337 FM：菌群数据分析的局限性及解决之道（综述）Frontiers in Microbiology[IF:4.076] ① 微生物数据集是多样本组合数据，不能反映单种菌群的绝对含量；② 测序仪读取数据是基于菌群相关分子的统计值，片段测定再重组的测序方式不能反映真实的菌群组成；③ 传统的距离和差异分析法没能考虑数据的集合性特点，并且关注的是菌群相对丰度的主要变化，而不是更重要的样本间的最大变化；④ 组合数据的相关性分析在亚群和数据组装上存在欺骗性，相对丰度分析对极值敏感，可能带来特错数据；⑤ 可替代分析方法有宏转录组分析法和标签测序法。 Microbiome datasets are compositional: and this is not optional 2017-11-15 DOI: 10.3389/fmicb.2017.02224 Gut：PPI与胃癌的关联，维生素B12的角色或很关键Gut[IF:16.658] ① 有研究指出，长期使用质子泵抑制剂（PPI）会增加患者非贲门胃癌（NCGC）等恶性胃癌的发病率；② 但过往研究中并未对维生素B12进行关注，在HP感染治疗过程中，PPI的使用将降低维生素B12水平，而维生素B12正是恶性胃癌发展中的调停者；③ 由于研究中PPI和NCGG的关联作用并非是直观的因果关系，而是通过中间媒介作用，维生素B12水平对结果的影响不可忽略； 必须排除的”④ 该种情况的存在将涉及治疗介质及方法选择等多方面因素，需更多探究。 Proton pump inhibitors and the risk for gastric cancer: possible confounding by serum vitamin B12 2017-11-28 DOI: 10.1136/gutjnl-2017-315695 NC：肠道菌群不同，阿卡波糖治糖尿病的效果不同Nature Communications[IF:12.124] ① 抗糖尿病药物可调节肠道菌群，从而改变血浆和粪便中胆汁酸（BA）组成；② 在未治疗的2型糖尿病患者中，用阿卡波糖治疗（而非格列吡嗪）增加了初级BA/次级BA的比例及血浆中非结合BA的水平；③ 阿卡波糖增加肠道中乳杆菌属及双歧杆菌属，减少拟杆菌属，从而改变参与BA代谢的菌群基因的相对丰度；④ 治疗结果取决于治疗前的肠道菌群组成，与普氏菌属主导的肠道菌群相比，拟杆菌丰度较高者在阿卡波糖治疗后血浆BA变化更大，代谢参数改善更明显。 Analyses of gut microbiota and plasma bile acids enable stratification of patients for antidiabetic treatment 2017-11-27 DOI: 10.1038/s41467-017-01682-2 Nature Reviews：菌群与胃癌相关性研究取得进展Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology[IF:13.678] ① Coker等研究中国患者的浅表性胃炎、萎缩性胃炎、肠化生和胃癌的内镜活检标本，胃癌组的粘膜菌群明显不同，尤其是口腔细菌种属增加，亦鉴定出梭杆菌属；② 胃癌中口腔细菌的丰度是个值得关注的问题，若可行，则或许可通过痰检分析胃癌风险；③ 菌群与胃癌的关联仍存在许多疑问：胃粘膜菌群失调与胃癌发生的先后顺序、胃癌相关的菌群改变是否与特定亚型相关；④ 胃粘膜菌群作为新的抗原因素，可用于调控免疫治疗的应答。 Gastric cancer: The gastric microbiota - bacterial diversity and implications 2017-11-18 DOI: 10.1038/nrgastro.2017.140 ERJ：囊性纤维化患者的呼吸道菌群与年龄相关European Respiratory Journal[IF:10.569] ① 收集146名囊性纤维化（CF）患者及45名健康人的支气管肺泡灌洗液（BALF）进行菌群分析；② 2岁以下的CF患者，非传统的分类群（链球菌属、普氏菌属、韦荣球菌属）占据了约50%的菌群；③ 6岁以上的CF患者，传统的CF分类群（假单胞菌属、葡萄球菌属、寡养单胞菌）占优势；④ CF患者的BALF中有约20%的菌群胃非传统CF相关菌群（链球菌属或普氏菌属）；⑤ 链球菌属、普氏菌属及韦荣球菌属的丰度与呼吸道炎症负相关；⑥ 肺部疾病恶化状态与菌群无关。 Airway microbiota across age and disease spectrum in cystic fibrosis 2017-11-01 DOI: 10.1183/13993003.00832-2017 Science：充分考究菌群的治疗时代已来临？(12年经典文献)Science[IF:37.205] ① 肠道菌群对药物代谢的的直接作用为生物转化，如亲代化合物的激活或失活；② 间接作用包括：改变宿主基因表达、影响药物在肠道外的代谢；③ 抗生素的使用影响固有菌群的结构；④ 可通过培养细菌并进行体外详细研究、无菌和定殖动物模型、治疗前中后患者的宏基因组调查、大规模临床研究等手段，寻找新的菌群治疗靶点，⑤ 并有助于寻找用于评估药物毒性和疗效的无创性生物标志物，了解外来化合物对宿主和菌群生理学的长期和短期影响。 Is it time for a metagenomic basis of therapeutics? 2012-06-06 DOI: 10.1126/science.1224396 感谢本期日报的创作者：兵兵，洋，女巫，花开，沈志勋 |
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