GO/Pathway 数据筛选 – GCBI学院

ypgao 2018-03-09

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GO功能分析

一、显著性筛选

显著性P值

采用Fisher精确检验，对功能分析结果的显著性判断，一般选择P<0.05的功能为具有显著统计学意义的功能。

显著性FDR值

为了控制多重比较检验中犯第一类错误的整体概率，我们通过Benjamini-Hochberg step-up的方法来控制FDR，即判断为显著性的GO中假阳性GO的比例的期望，一般选择FDR<0.05是较为理想的结果，表示对应的功能具有显著统计学意义。

参考文献：

[1] Y. Benjamini, Y. Hochberg(1995). Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing. Journal of the Royal Statistical Society, Series B 57 (1): 289–300.

二、自定义筛选

关注的基因/关键字

根据用户关注的基因或功能名称中包含的关键字进行筛选，可同时输入多个基因/关键字。

信号通路（Pathway）分析

一、显著性筛选

显著性P值

采用Fisher精确检验，对通路分析结果的显著性判断，一般选择P<0.05的通路为具有显著统计学意义。

显著性FDR值

为了控制多重比较检验中犯第一类错误的整体概率，我们通过Benjamini-Hochberg step-up的方法来控制FDR，即判断为显著性的Pathway中假阳性Pathway的比例的期望，一般选择FDR<0.05是较为理想的结果，表示对应的通路具有显著统计学意义。

参考文献：

[1] Y. Benjamini, Y. Hochberg(1995). Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing. Journal of the Royal Statistical Society, Series B 57 (1): 289–300.

二、通路分类筛选

根据KEGG中常见的Immune system、Signal transduction、Cell growth and death、Endocrine system信号通路分类以及已报道的与肿瘤发生相关的信号通路，通过对每一信号通路包含的基因进行计数，用户可以根据关注的信号通路进行筛选。每一大类包含的信号通路如下：

与肿瘤相关的信号通路	与免疫相关的信号通路	与信号传导相关的信号通路	与内分泌系统相关的信号通路	与细胞周期相关的信号通路
AMPK signaling pathway	Hematopoietic cell lineage	Two-component system	Insulin secretion	Cell cycle
Apoptosis	Complement and coagulation cascades	Ras signaling pathway	Insulin signaling pathway	Oocyte meiosis
B cell receptor signaling pathway	Platelet activation	Rap1 signaling pathway	Glucagon signaling pathway	Apoptosis
cAMP signaling pathway	Toll-like receptor signaling pathway	MAPK signaling pathway	Regulation of lipolysis in adipocytes	p53 signaling pathway
Cell cycle	Toll and Imd signaling pathway	ErbB signaling pathway	Adipocytokine signaling pathway
Chemokine signaling pathway	NOD-like receptor signaling pathway	Wnt signaling pathway	PPAR signaling pathway
Cytokine-cytokine receptor interaction	RIG-I-like receptor signaling pathway	Notch signaling pathway	GnRH signaling pathway
HIF-1 signaling pathway	Cytosolic DNA-sensing pathway	Hedgehog signaling pathway	Ovarian steroidogenesis
Hippo signaling pathway	Natural killer cell mediated cytotoxicity	TGF-beta signaling pathway	Estrogen signaling pathway
Jak-STAT signaling pathway	Antigen processing and presentation	Hippo signaling pathway	Progesterone-mediated oocyte maturation
MAPK signaling pathway	T cell receptor signaling pathway	VEGF signaling pathway	Prolactin signaling pathway
mTOR signaling pathway	Th1 and Th2 cell differentiation	Apelin signaling pathway	Oxytocin signaling pathway
NF-kappa B signaling pathway	Th17 cell differentiation New!	Jak-STAT signaling pathway	Thyroid hormone synthesis
p53 signaling pathway	IL-17 signaling pathway New!	NF-kappa B signaling pathway	Thyroid hormone signaling pathway
PI3K-Akt signaling pathway	B cell receptor signaling pathway	TNF signaling pathway	Melanogenesis
T cell receptor signaling pathway	Fc epsilon RI signaling pathway	HIF-1 signaling pathway	Renin secretion
TGF-beta signaling pathway	Fc gamma R-mediated phagocytosis	FoxO signaling pathway	Renin-angiotensin system
Toll-like receptor signaling pathway	Leukocyte transendothelial migration	Calcium signaling pathway	Aldosterone synthesis and secretion
VEGF signaling pathway	Intestinal immune network for IgA production	Phosphatidylinositol signaling system
Wnt signaling pathway	Chemokine signaling pathway	Phospholipase D signaling pathway
		Sphingolipid signaling pathway
		cAMP signaling pathway
		cGMP-PKG signaling pathway
		PI3K-Akt signaling pathway
		AMPK signaling pathway
		mTOR signaling pathway
		Plant hormone signal transduction

三、自定义筛选

关注的基因/关键字

根据用户关注的基因或功能名称中包含的关键字进行筛选，可同时输入多个基因/关键字。

信号通路分类

根据KEGG数据库中信号通路的七大分类，分别对每一大类包含的信号通路进行数量统计，用户可以根据关注的研究方向进行筛选，7大分类如下：

Category	含义
Metabolism	属于代谢类的信号通路数量
Genetic Information Processing	属于转录、翻译、DNA修复等遗传信息传递类的信号通路数量
Environmental Information Processing	属于跨膜运输、信号传导等细胞间信息处理类的信号通路数量
Cellular Processes	属于细胞运输、生长等生物学过程的信号通路数量
Organismal Systems	属于免疫、内分泌、神经系统等机体系统类的信号通路数量
Human Diseases	属于疾病类的信号通路数量
Drug Development	属于药物作用、功能分类相关的信号通路数量