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混合使用时,甲基绿易与聚合程度高的DNA结合,而使之染为绿色,吡罗红则易与聚合程度低的RNA结合,而使之染为红色;若甲基绿和吡罗红单独使用,则细胞内的DNA和RNA均可与之结合,结果DNA和RNA均被染为绿色或红色,而不能辨别出DNA和RNA在细胞内的分布.
甲基绿和吡罗红都可与DNA 结合而被染成相应的深色， 但甲基绿与DNA 结合能力比吡罗红强且稳定；已被甲基绿染色的DNA 再难以被吡罗红染色，而已被吡罗红染色的DNA 易被甲基绿再染色；RNA 与吡罗红结合能力比DNA 强。因此，用甲基绿吡罗红混合液染色时，DNA 首先与甲基绿结合， 而使之染为绿色，而不再与吡罗红结合；RNA 则与吡罗红结合,而使之染为红色。所以用混合液染色，两种染液基本是互不影响。
正因上述原因，若甲基绿和吡罗红单独使用时，则细胞内的DNA 和RNA均可与之结合， 结果DNA 和RNA 均被染为绿色或红色。由于细胞核中的核酸比细胞质更密集，细胞核对甲基绿或吡罗红的亲和力比细胞质强，因此这两种染液都使细胞核染色深，细胞质染色浅；细胞核被用甲基绿吡罗红混合液染色与被用甲基绿单独染色，存在一定差异，单独染色偏绿一些，混合液染色偏蓝一些，这说明用混合液染色时细胞核被甲基绿染色的同时也被吡罗红染色， 只不过吡罗红着色很浅，对甲基绿染色效果影响甚微。（摘自《实验教学与仪器》2011，第9期）
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