|
我最近研究一个基因啦，想要看看有没有被什么MiRNA调控，但是预测了好多，经费有限，不能一百多个全都试吧…… 那就多预测一些咯……然后用韦恩图来取交集啦。 那啥是韦恩图？文献里不是很多嘛，就类似这样： 虽然你知道这大概是什么，但是这太像奥运会了好么……不要在意那些细节啦。首先，上Target Scan（http://www./vert_71/）上搜一下，举个例子，搜个“TP53”，预测出可能有关的miRNA。 接着，上Miranda（http://www./microrna/getGeneForm.do），也一样搜“TP53”，预测出可能相关的MiRNA。 接着将两者输入到下面这个韦恩图制作的网站上（http://bioinformatics.psb./webtools/Venn/）： 求交集，就会形成这样的韦恩图： 可以看到大概有十个miRNA是两个数据库能共同预测到的。 接着，再登一下DIANA（http://diana.imis./DianaTools/index.php?r=microT_CDS/index），也是一样，搜“TP53”，再预测相关的miRNA。 继续求交集： 三个数据库的交集，就只剩一个miRNA了。接着再登一下miRDB4.0（http:///miRDB/index.html），也是一样，还是搜“TP53”，再预测相关的miRNA。 继续输入，再求交集： 这几个数据库能搜到的交集的共有的这个miRNA，就是可以预测的，可能性最大的那个miRNA了。 韦恩图其实就是求交集而已，当然，除了预测miRNA，其实还能用在预测靶基因，预测启动子，随便啦，反正都是求交集就对了。好了，今天就策到这里吧。
|
|
|
