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明初，镇守总兵官的权力相当大。如宣府镇，永乐时总兵官的执掌为：“整伤兵备，申严号令，练抚士卒，振作军威。务要衣甲整齐，器械锋利。城堡墩台坍塌以时修治坚完，官军骑操马足责令饲养腰壮。仍督屯田粮草，并一应钱粮不许侵欺。遇有贼寇，相机战守。”练兵、作战、筹饷均由总兵官负责。这样，第一，都指挥使受其节制，成了他的下属官，地位降低了；第二，改变了练兵将领不指挥作战，指挥作战的将领不管练兵，兵将分离的作法，有利于提高部队战斗力；第三，事权专一。但明廷为防止总兵可能拥兵自重，正统之后，较为普遍地派巡抚等文官参与部队管理，削弱总兵官的权力。总兵官“凡一应军机之事，须与巡抚等官从长计议停当而行”。在边防、海防均设总督，临时用兵还设经略、经理等。总督协调较大地区的军政事务，总兵、巡抚均受其节。总督的设立扩大了防区的范围，有利于协调较大地区的军事行动。
明初，地方最高军事长官为都指挥，一变而为总兵官，再变而为巡抚、总兵官，三变而为总督。这种转变基本是沿着两个方面进行的：一个是将平时体制转变为平战结合的体制；一个是文官参与军队管理，加强对军队的控制。
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明初，中央军事领导机构有五军都督府和兵部。五军都督府平时管理都司卫所，战时朝廷派遣都督挂将军印率军出征。兵部平时职掌全国武卫官军的选授、简练、镇戍等政令，战时奉皇帝命令调遣部队。但随着卫所制的破坏，五军都督府的职权越来越轻，而兵部之权则越来越重。
明初，军队平时领导体制和战时不同。平时的军队训练、守御、屯田等都由都指挥使、指挥使、千户、百户等层层负责。都指挥使是一地区的最高军事长官。战时朝廷派出将领，挂将军印，称总兵官，指挥临时调集的某几个卫所或某几个卫所的部分官兵，进行作战。战后总兵交回将军印，军队各回卫所。这就是《明史·兵志》所讲的“征伐则命将充总兵官，调卫所军领之；既旋则将上所佩印，官军各回卫所。”但这只是明初总兵官情况中一种，可称其为征伐总兵官。还有另外一种总兵官，即镇守总兵官，如镇守辽东、宜府、大同的总兵官等。他们也挂印，称将军，但常驻一地，卸任方归。他们是该地区的最高军事长官，都指挥使受其节制。
