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随着细胞生物学的发展，人们开始观察到了生物细胞内的微观结构，于是动植物的分类不再以宏观形态为依据，而是以细胞结构和内部器官为主要依据。比如植物细胞一般都有细胞壁和叶绿体，动物细胞则没有。
这种分类标准比林奈法要科学了很多，大部分动植物都可以很好的照此依据清楚的划分。但问题还是来了，对于怎么看都是植物的真菌，也就是我们常吃的蘑菇，它们的细胞却根本不具备植物细胞的特点。既没有细胞壁，也没有叶绿体，而是更像动物细胞。
目前我们认为，真菌是界于植物和动物之间的过渡性物种，真菌曾被认为和植物的关系相近，甚至曾被植物学家认为就是一类植物，但真菌其实是单鞭毛生物，而植物却是双鞭毛生物。不同于有胚植物和藻类，真菌不进行光合作用，而是属于腐生生物——经由腐化并吸收周围物质来获取食物。
大多数真菌是由被称为菌丝的微型构造所构成的，这些菌丝或许不被视为细胞，但却有着真核生物的细胞核。成熟的个体（如最为人熟悉的蕈）是它们的生殖器官。它们和任何可行光合作用的生物都不相关，反而跟动物很亲近，两者同属后鞭毛生物。因此，真菌被归类自成一界。
划分动物和植物最重要的依据，莫过于叶绿体、细胞壁的有无。如果一个动物有了叶绿体，那它算是动物呢还是植物呢？
海蛞蝓就是这一种，动物和植物之间的神奇物种。其实海蛞蝓只是一种俗称，泛指“无壳蜗牛”，是一些保有少量外科或是已经没有外壳的软体动物。
还有哪些介于动物与植物之间的物种？
蓝藻既不属于动物，也不属于植物，而是一种原核生物，也不介于动物和植物之间。而且，蓝藻也不具有动物细胞的任何特征。
“太岁”是一个俗称，也是一种真菌。只是外表看起来像肉，又像植物。
叶羊通常见于日本、印尼和菲律宾海，它们通常会长到5毫米的长度。叶羊的食物就是也是大量海藻，它会在进食过程中吸出海藻的叶绿体，并纳入身体，与原有的体细胞共生。
眼虫是眼虫属生物的统称，在植物学中称裸藻，也称绿虫藻，是一类介于动物和植物之间的单细胞真核生物菜叶网，它是介于动物与植物之间的生物。它拥有眼点（感光）和鞭毛（运动），应该是动物。可它也有叶绿体（进行光合作用）。
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