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在肿瘤研究中，经常涉及到一些基因的突变研究，如下图文章里KRAS基因突变与未突变的细胞系选择。 总之，在课题方向上的突变基因的选择以及合适细胞系的采取都是一个令人纠结的问题，数据库的选择和利用将显得尤为重要。 以下就上述两方面（临床样本数据和基础科研中的细胞系数据）介绍几个数据库。 首先是临床样本数据库，其中一个比较好用的数据库是InternationalCancer Genome Consortium (ICGC)（网址：https://dcc./），在里面可以查询自己想要查询的基因在临床样本里的突变情况。如图演示，打开主页，可进行快速搜索，也可以高级搜索， 在快速搜索里输入想要查询的基因名称，以KRAS为例。 可以看到KRAS的摘要，一些基本信息和注释，注释包括参与的反应通路和GO注释，同时也可以看到KRAS在临床样本中突变起了很大作用，但还没有靶向药物。 我们重点关注突变，点击Mutations， 可以看到在很多临床项目和不同肿瘤类型中的KRAS突变情况，如果突变的多且还没有研究过，或许还有研究意义。页面往下拉，还可以查看哪些位点突变的多，这个是很多其他数据库难以做到的， 可以看到，在KRAS G12D这个位点突变的情况最多。 当然，这个数据库还有其他功能，如上KRAS在胰腺癌中突变最多，我们可以在高级搜索中选择胰腺癌，查看基因，可以看到KRAS排名第一，继续点击最右红框里的光标， 可看到突变与未突变生存曲线的比较， ICGC这个数据库还有其他功能，大家可以自行探索一下。
第二个问题，在基础科研做突变基因研究，肯定离不开细胞，就如第一张截图文献里的细胞系选取，他们是怎么做到的，难道一个个测序？那肯定不是，有几个数据库可以了解一下。 第一个，CCLE（CancerCell Line Encyclopedia），翻译过来就是癌细胞百科全书，够牛逼了。网址：https://portals./ccle，里面包含了很多癌细胞系的基因表达和突变的信息。主页清晰简洁，哦对，需要注册一个账号，很简单。 比如，像上面文章里一样，查询的KRAS基因，可以看mRNA表达外,可以看突变的水平，我们直接看突变数据， 左边即为KRAS突变的细胞系，在下面方框里还可以搜索自己想要的细胞系有无突变，还可以查看突变位点（右边红框上），红框内可搜索突变位点，选择自己想要的细胞系和突变位点进行下一步实验。同时，CCLE还可以输入细胞系，查看基因表达谱和某个基因有无突变及其突变位点，方法差不多，比如在首页输入HUH7细胞系，得到下图，进一步筛选想要的基因有无突变即可。 还有一个数据库，COSMIC（Catalogueof Somatic Mutations in Cancer），网址https://cancer./cell_lines，这个数据库相比较CCLE而言，细胞系没有CCLE那么全，但功能比CCLE多，不仅能查询细胞，还能查询突变基因的一些其他相关信息。首页如下图 上面的红框可直接输入基因查看基因相关信息，下面红框可以查看细胞系（只有一部分，没有CCLE那么全）。 基因以KRAS为例，细胞系以已有的HUH7为例，
可以看到guideline那里很多信息。继续选择细胞系，
进去后可以看到这个细胞系的基本信息，还有circos图，以及突变的基因，可以搜索想要的基因，看看有无突变。
当然，以上数据库还有其他功能，有兴趣可以自行探索一下。希望对大家有所帮助，谢谢！ |
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