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导读 我们在进行肿瘤研究的时候常常要用到肿瘤细胞系，每种类型的肿瘤通常具有多个细胞系，那么这些细胞系有什么区别？我们要研究的基因在这些细胞系中的表达水平高低以及是否发生突变，那这些问题怎么解决呢，难道一个个的测序吗？答案肯定是：NO！今天小编就来给大家介绍一下能解决这些问题的神奇网站——CCLE。 CCLE全称（Cancer cell line encyclopedia）翻译过来就是癌细胞百科全书，也是相当的不得了了！内容涵盖大约1000多种人源肿瘤细胞系的基因表达谱。 CCLE主要分为网页版和软件版，软件在使用时需要java环境运行，所以小编在这里就主要给大家介绍下网页版的使用。 网址：https://portals./ccle 首先打开网站，然后就能够进入到CCLE的主页，主页界面非常简洁清晰，一目了然，在搜索框中输入你需要检索的细胞系名称或者基因名称就能进行下一步操作了。不过网站需要注册一个账号哦，非常简单快速就能注册好。 例如：基因TP53，在搜索框内输入“TP53”之后，界面如下图所示，显示在不同位置来源的细胞中Tp53在mRNA水平的表达情况。点击下面的“Download mRNA expression”按钮就可以下载数据了，里面有各个细胞中的表达量可以进行排序哦。 点击左上方的“Scatter Plots”到下面的界面，将鼠标放到各种肿瘤上，可以看到基因的拷贝数和mRNA的表达量，每个点代表一种细胞系，这些数据也都可以通过下方的Download进行下载。
还有在肿瘤细胞中大家比较关心的基因突变问题也能在这里查询到，点击“Mutation Data”就能得到该基因在不同细胞系中的突变情况，能够通过不同的筛选方式选出同一突变的细胞系或者是同一来源的细胞系中突变的差异。 上图左边即为TP53突变的细胞系，在图内下面方框里还可以搜索自己想要的细胞系有无突变，右边的红框位置还可以查看突变位点，红框内可搜索突变位点，选择自己想要的细胞系和突变位点进行下一步实验。 同时，CCLE还可以输入细胞系，查看基因表达谱和某个基因有无突变及其突变位点，方法差不多，比如在首页输入HUH7_LIVER细胞系，得到下图，进一步筛选想要的基因有无突变就行了。 通过CCLE网站能够得到想要的基因表达和突变的信息，能很好的帮助我们选择合适的细胞进行下一步的研究，当然CCLE网站还有很多不同的类型可以进一步的挖掘。希望小编今天的分享对大家有所帮助~ |
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