[重磅]手把手教你玩Cytoscape

非常感谢北京协和医学院药用植物研究所于猛老师的分享。在这个看颜值的世界，一张狂拽酷炫的图不仅有助于解释文章的精髓，更能吸引审稿人和读者的眼球。随着高通量多组学的兴起，数据分析与整合、以及可视化变得越来越重要。

今天omicsPie将手把手教你玩Cytoscape！当然，Cytoscape软件的功能非常强大，本次只针对我们常用的关联分析可视化进行了整编。一口吃不成大胖子，那都得天天吃。。。Learning by doing， 且行且珍惜！别忘了转发评论点赞打赏，这才对得起于老师和小编的辛苦啊！（结尾有彩蛋，自己慢慢体会）

Ready, Go！

C. Zhang et al. / EBioMedicine 2 (2015) 968–984

小伙伴们阅读文献看到这样炫酷的关联图时，您是否眼前一亮？其实这样的图可以通过很多软件来实现，比如Gephi, R, Cytoscape……下面我们一起用最短的时间学习一下怎样用Cytoscape软件做关联图吧！

Cytoscape简介

Cytoscape是一款图形化显示网络并进行分析和编辑的软件，它支持多种网络描述格式，也可以用以Tab制表符分隔的文本文档或Microsoft Excel文件作为输入，或者利用软件本身的编辑器模块直接构建网络。

软件官网：www./

各版本下载地址：http://www./download_old_versions.html

Cytoscape的核心是网络，最简单的网络图包括节点（node）和边（edge）。节点是你的关联变量，可以是基因、蛋白，代谢物质或者miNRA等等；节点与节点之间的连接 (edge) 代表着这些变量之间的相互作用。一张简单的网络结构，比如下图。但是想要拥有CNS级别的高大上，就需要下功夫了！

   Cytoscape关联数据格式（非常重要）

正所谓条条大路通罗马，有很多种方法可以编辑数据集，数据关联格式也并非唯一，现在介绍给大家的是自认为比较方便的一种格式。

在Excel中编辑好数据集，比如metabolites-metabolites, metabolites-bacteria, metabolites-biochemistry indexes… …；value可以通过SPSS, R等软件计算得相关系数r；REL中的“ ”和“-”分别代表正、负相关。保存数据集。

 Cytoscape数据可视化

导入数据集

File–import–Network–File选中Excel (.xls, .xlsx)文件

得到初步的相关图；

排版美化

Style 选项下Node（节点）设置中Bypass对点的形状、颜色、大小等进行设置；

Style 选项下Edge（边）设置中对线的颜色、类型、宽度等进行设置（关键步骤）；

Layout – 可根据需要进行调整各节点的位置，也可添加或删除节点。 Export –建议输出矢量图，然后再通过AI & PS进行调整，即可用于文章发表。66666666。。。。。。。

以下是自己数据分分钟玩出来的一个相关图，有没有觉得很酷炫？有了这个神器，提升图片格调哦！

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