通过CRISPR对lncRNA进行敲除，sgRNA的序列如何获取？

我们知道在研究lncRNA功能的时候，常常需要对lncRNA进行沉默或者敲除，从而在细胞或者动物层面进行表型的研究，特别是在很多高分文章中，常常需要同时对lncRNA进行RNAi和敲除，而通过CRISPR技术来敲除lncRNA是很好的。

关于CRISPR技术，我们已经介绍过很多期文章：

• 听说你想自己做CRISPR实验
  

• 高分文章和基金是如何用CRISPR/Cas9的？
  

• 12月CRISPR技术的临床和科研进展盘点
  

下面我们来介绍一个数据库，帮我们迅速获取对已知lncRNA进行敲除的sgRNA序列——CRISPRlnc: a manually curated database of validated sgRNAs for lncRNAs.

两个网址：http://www.或者http://crisprlnc.

在具体使用上，我们可以浏览：

这里我们可以看到lncRNA的名字、物种（包含了人、大鼠、小鼠、斑马鱼等多个物种）、染色体、sgRNA的序列、PMID等信息，比如第一条是我们前面介绍过的lncRNA Thor（雷神索尔（THOR）发了篇Cell，要不要来学点套路？）的具体信息：

红框里面的就是sgRNA的序列，另外通过sequence display还可以看到thor的序列：

然后是搜索Search功能：

可以输入lncRNA的名字、物种等信息检索：

最后我们可以下载：

比如下载后的lncRNA和sgRNA序列：

lncRNA的序列：

好了，这个数据库就介绍到这里了。

最后感谢中国科学院西双版纳热带植物园刘长宁研究团队做出这么好用的数据库：CRISPRlnc: a manually curated database of validated sgRNAs for lncRNAs.Nucleic Acids Research. PMID 30285246