预测miRNA结合位点的工具很多,以 miRanda软件通过以下两个因素来判断miRNA结合位点
示意图如下 直接根据序列匹配的打分值和对应的自由能来评估结合位点的可能性,由于不依赖结合位点的保守性,能够更加广泛的评估miRNA结合位点。 mirSVR是一套打分机制,通过一个回归模型对miRanda预测出来的结合位点进行打分,分值越低该结合位点越可靠。 开发者通过miRanda和mirSVR, 预测了人,小鼠等5个常见物种的miRNA集合位点信息,并将结果整理成了数据库,网址如下
该数据库中包含的物种和miRNA数量汇总如下 支持根据miRNA或者mRNA对数据库进行检索,检索结果示意如下 可以看到,软件预测的结果是非常多的,一个miRNA有几千个候选的靶基因。点击 该数据库是免费下载的,同时还提供了 miRanda软件的基本用法如下 miranda miRNA.fa genome.fa -sc 150 -en -7 -out target.txt 第一个参数为miRNA的序列,第二个参数为基因组序列,比如转录本对应的3’UTR序列, ·end· |
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