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中医基础理论，是学习中医学的入门课程，其形成和发展有着深刻的科学和文化背景。中医基础理论，以其独精的原理和祛则，客观地概括了人体生命活动，病理变化、诊断治疗，养生及预防疾病的基本规律，而且具有指导临床实践的作用。因此，中医基础理论是科学的知识体系。它以临床实践为基础，融汇了自然、社会、生物、心理等多方面的知识和学说，以人体生命活动及其病理变化为其整体观察与调控对象，表现了整体层次上的机体反应状态及其运动变化的规律，以及从整体上动态，综合地研究疾病过程中的证候及证候的运动变化规律及原理，对人体生命活动、病理变化的调控原则和方法等。中医基础理论所体现的思维方式，具有不注重物质实质，而从整体，联系、运动的观念出发，认识问题、解决问题的特征。这与西方现代医学及其他国家和地区的传统医学有着根本区别。
中医学理论体系初步形成的标志，是先秦秦汉时期所出现的《黄帝内经》《难经》《伤寒杂病论》和《神农本草经》医学经典著作，这些著作通常称作“四部经典”。
《黄帝内经》（简称《内经》）成书的年代，一般认为从春秋战国开始，可能至汉代才完成。所以，此书非出自一时一人之手，是众多医学家的论著几经修纂而成。《黄帝内经》总结了春秋战国时期的医学成就和临床经验，井吸收了秦汉以前有关天文学、历算学、生物学，地理学、人类学、心理学、逻辑学及古代哲学等多种学科的重要成就，确立了中医学的理论原则，创立了独特的理论体系，从而成为中医学发展的理论基础和源泉。它标志着中医学进入了由经验医学上升为理论医学的新阶段。这一理论体系至今仍卓有成效地指导着中医的临床实践。
《黄帝内经》以当时先进的哲学思想为指导，阐发医学基本理论，它论述的阴阳五行学说是与医学内容相结合的，所以《黄帝内经》中的阴阳五行学说实际上巳成为医学理论的一个组成部分。另一方面，《黄帝内经》又借助医学知识，对阴阳．五行、气、天人关系和形神关系等进行了探索，丰富和发展了哲学理论。
《黄帝内经》由《素问》和《灵枢》两部分所组成，各九卷，八十一篇，内容十分丰富，是系统反映这一时期医学理论的巨著。书中论述了人的生理、病理，以及疾病的诊断、治疗和预防等问题，其内容包括：对习医、行医和医德的要求，人体解剖、生理学知识、体质学说，医学心理学、阴阳五行学说、脏象经络学说、运气学说、诊法学说、防治学说、疾病病因证候学、时间医学、地理医学、气象医学、针灸学、养生学等。
《黄帝内经》的核心是讲“内求”，注重自身的修为和保健。首先强调内观，观五脏六腑，观气血运行；然后进行内炼，通过调整气血，调整经络，调整脏腑来谋求健康。《黄帝内经》收载成方13首，其中10种中成药，分为丸、散、酒，丹等剂型。
《黄帝内经》的三个“第一”：第一部中医理论经典；第一部养生宝典：第一部关于生命的百科全书。
《难经》是东汉时期的医著，托名秦越人（扁鹊）所撰。全书以问难答疑方式，提出作者自己所认为的难点和疑点，然后逐一解释阐发，对部分问题做出了发挥性阐释，讨论了八十一个医学理论难题，故又称八十一难。全书涉及生理、病理、诊断和治疗等多方面，对后世医界也有较大影响。
《难经》共81难，立足于基础理论，以脉诊、脏腑，经脉，腧穴为重点。1～22难论脉；23～29难论经络；30～47难论脏腑；48～61难论病；62—68难论腧穴；69～81难论针法。书中对经络学说和命门、三焦，七冲门（消化道的七个冲要部位），八会（脏、腑、筋、髓、血、骨、脉、气等精气会合处）做了论述。书中还明确提出“伤寒有五”（包括中风，伤寒、湿温、热病、温病）的观点，并对五脏之积、泄痢等病多有阐发。
至此，中医学界认为：《内经》《难经》已为中医学的独特理论体系奠定了基础。
秦汉以前，临床医学基本处于探索阶段，冶病主要凭惜经验。随着经验的积累和医学理论的形成，临床医学迅速发展，两汉时期，中医学已有显著的进步和发展。东汉末年著名医学家张仲景（公元150-219年）在《内经》《难经》的基础上，进一步总结前人的医学成就，并结合自己的临证经验，写成了我国第一部临床医学专著《伤寒杂病论》，以六经辨证和脏腑辨证等方法，对外感疾患和内伤杂病进行辨证论治，从而确立了中医临床治疗的辨证论冶体系和理、法、方、药等运用原则，为后世临床医学的进一步丰富和发展打下了良好的基础。《伤寒杂病论》后经晋代医学家王叔和编纂整理成《伤塞论》和《金匮要略》两书。
《伤寒论》着重探讨外感疾病的诊冶问题，它归纳了外感疾病发生、发展的大致规律，分析了疾病不同阶段的变化特点盈诊断要点，提出了外感疾病的六经辨证纲领，创造性地将病证归为太阳、阳明，少阳，太阴．厥阴，少阴六类，即“六经”。确立了辨证施治原则，奠定了理、法、方、药的理论基础。
《伤寒论》共10卷、22篇、398条，立方113首。书中系统地分析了伤寒的原因、症状，发展阶段和处理方法。书中所运用的汗，吐、下、和、温、清、补、消等基本治法，被后世广泛应用。书中的麻黄汤、桂枝汤、大承气汤、白虎汤、小柴胡汤、理中汤、四逆汤、五苓散、泻心汤、乌梅丸等，至今享有盛名。《伤寒论》的方剂由于来源于临床实践，配方严谨科学，疗效确凿，故至今仍为国内外临床医师所广泛应用。
“金匮”，表示此书的重要和珍贵；“要略“，表明书中所言简明扼要。书名表明本书内容精要，价值珍贵，应当慎重保藏和应用。
全书共25篇、方剂205首，列举病证60余种。
《金匮要略》主要以脏腑经络学说作为全书论述的基础，阐明各类证候的发生，变化及其与脏腑经络的关系。随后分别论述痉湿喝、百合、狐惑、阴阳毒、疟病、中风历节、血痹、虚劳、肺痈，以及妊娠病、产后病、妇人杂病等40余种。
《金匮要略》奠定了杂病的理论基础和临床规范，具有很高的指导意义和实用价值。
《伤寒杂病论》的成就，使中医临床学科有了根本的改观，它奠定了中医理论体系中临床医学部分的基石，并使中医理论和临床融贯成一体。
先秦秦汉时期，药物学知识也日渐丰富．马王堆出土书籍中，记载药物已达243种。这一时期出现了一本重要的药物学专著《神农本草经》。
《神农本草经》是秦汉众多医学家总结、搜集、整理药物学经验成果而成的专著，是对中国中草药的第一次系统总结。原书散佚，现行本为后代医家从历代本草书中集辑而成。
全书分三卷，载药物365种（植物药252种，动物药67种，矿物药46种），分上、中、下三品，堪称中药理论精髓。
书中对每一味药的产地、性质、采集时间、入药部位和主治病证，对各种药物的配伍应用及简单制剂方法，对药物的性味及应用原则，都有所叙述。书中记载了许多特效药物，如麻黄可治疗哮喘，大黄可泻火，常山可治疗疟疾等。书中关于药物君臣佐使，阴阳配合以及“七情合和”“四气五味”等原则在后世的用药实践中发挥了巨大作用。《神农本草经》至今仍是中医药学的重要理论支柱。
总之，秦汉时期出现的这些医著，分别从医学基础理论、临床医学和药物知识诸方面，总结了以往的成就，使之上升到一个新的高度。中医在人体结构、生理、病因、病机、诊法、辨证，治疗、方剂和中药等各方面，都形成了相对完整的理论体系，为后世中医发展奠定了基础。
四都经典著作的出现，使中医学术界有了统一的学术范式，从而促使医学呈现出轻快的发展趋势。继《伤寒论》和《金匮要略》之后，历代医学家大多结合临床医疗实践，从不同角度发展了中医学的理论。
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