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之前也有不少文章对GEPIA做过有针对性的推荐，而本帖则主要将GEPIA的功能做一次全面的分析。 GEPIA平台对TCGA数据的分析足以满足大部分处于科研金字塔底层的劳动人民的日常科研补图需求，那么GEPIA可以提供哪些直接可用的功能和图呢？ 1. 对选定癌种的差异基因分析汇总，并具体在每一条染色体表示。 2. 对选定基因的表达量（基于TPM值）分析。 选定癌种和阈值（log2FC和q-value）以及差异分析方法（ANOVA、LIMMA）以及纳入的样本（单纯肿瘤组织、还是肿瘤与配对正常组织，还是包含了除TCGA数据库外的GTEx数据汇总），就可以得到相应的各个癌种的表达图。 这项功能特别适用于某个基因的pancancer分析。 3. 对特定基因的特定癌种的正常组织对比肿瘤组织的表达分析。 选定癌种，选定阈值以及纳入组织类型，就可以得到即用的表达箱图，有红色星星的表示有差异。 4. 对特定基因在特定癌种中的不同病理分期中的表达差异分析。同样，选定癌种，选定大范围粗略的Stage分析（Stage I，II，III，IV）还是精细的Stage分析（包含Ia-IVb）。所得结果图也是即用型（这里说明这个基因在Stage I没有相应结果）。 这项功能特别适用于某个基因的clinicopathological 的补充分析，比如某些reviewer让你补充基因在癌种中的随病情的表达变化，这就是绝好的材料。 5.对多个目标基因的表达分析。
6.对特定基因的生存分析，这个是经典中的经典。
7. 对特定病种里所有与预后差异显著相关的基因的汇总。这个适合找课题。
8. 想了解目标基因有哪些类似基因的情况下，可以用这个类似基因筛选功能。
9.如果想了解两个基因之间的关联性，可以用这个功能。
总的来说，GEPIA目前提供的功能非常全面和简洁。非常适合对常规实验室文章的临床数据补充和验证。 |
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