  ChIP全称是染色质免疫共沉淀，就是用抗体吊取用甲醛交联过的染色质中的特异转录因子或者发生修饰的组蛋白，然后，用磁珠，琼脂糖珠，或者抗体包被板等策略将转录因子或组蛋白上交联上的DNA洗脱下来，然后去测序。说起来很简单，但是，这里边有很多“坑”，我们一一细数一下。  
ChIP实验最初是为细胞开发的，所以细胞水平的ChIP实验体系较为成熟，可以自己配试剂，也可以买成熟的试剂盒，国产的进口的都有很多选择，效果都差不多。但是组织水平就不一样了，如果你选择的是用组织去做ChIP-seq，那么你要首先评估一下自己的组织是什么质地的： 1.如果是蛋白分泌器官，那么，你就需要很大的起始量，而且做处理组织的时候，要彻底匀浆分多次将目标组织悬液洗脱下来。 2.如果你是很纯的组织，比如一些脏器，没有太多的细胞核以外的蛋白质，那么只需要匀浆一次，一次性就可以洗脱下来足够数量的组织悬液。 组织材料是否新鲜也对实验有一定影响。冷冻过的组织，可以做ChIP吗？答案是，可以。我试过用冻了4年的组织去做ChIP依然ChIP下来DNA，但是，这种还是不建议的，ChIP下来的DNA量会变少，而且需要3-5倍于新鲜组织的组织起始量。最好选用新鲜的组织去做ChIP，不要冷冻最好了。想想我们提取核蛋白推荐的是什么材料。  ChIP实验步骤非常多，周期较长，1-3天不等吧。因此，要涉及到哪几步是可以停下来的，毕竟我们都是凡夫俗子，不可能不吃不喝连干好几天吧？不论是自己配的试剂还是用的试剂盒，可以停下来的时间节点分别是：
这两步停顿的时间应该基本够我们去吃个饭之类的，还有就是抗体孵育，一般是过夜，因为通常情况下，做到这一步应该就晚上了，不过经过测试，孵育4个小时，和过夜几乎没有差别。大家可以灵活掌握。 再说一下ChIP的重难点，破碎！！！这几乎决定了ChIP的成败。刚刚做了几百个ChIP的我的建议，应该比较中肯。 1.接触式的破碎仪，往往是傻瓜式的操作，插入，破碎两步走。唯一需要摸索的就是振幅，这种机器往往不需要很长的破碎时间（5分钟以内），时间久了发热很难控制，因为这种机器比较简陋，控温往往是用冰块之类的。 2.非接触式的，这种设备，功率很有限，所以设计就很重要了，不同品牌参差不齐。我们实验室的co牌设备（具体哪个牌子请大家后台回复，毕竟我们不是收钱打广告）就是行业典范了，设置起来和普通的超声波不太一样，原理也不太一样，但是效果非常好，但是缺点也比较明显，需要用他们配备的耗材，比较贵。而其他一些照猫画虎的设备的效果就差很多了，因为设计上的问题，导致作用到样本上的功率很有限，如果不配套特殊的耗材，可能根本达不到我们需要的破碎要求。 1.破碎功率的选择非常重要，因为，根据我的摸索，功率率先决定你破碎片段的大小，时间决定条带的集中程度（都是没有发表过的高清无码大图啊，我没有加水印，但是希望要盗图的盆友请自重哈）。  破碎时间越长条带越集中 功率越大主带越小  2.破碎检测，建议最好是提出来DNA去检测，而不是直接用组织悬液去跑胶，这样会使条发生偏移，或者显示不清楚。而且，这一步还有一个重要的作用就是，根据你取得悬液的体积和DNA的总量来推算你的破碎样本中有多少DNA，进而决定每个样品要上多少的悬液去ChIP。 尽可能选择单抗，最好是ChIP级的抗体，抗体特异性不够的话，会导致大量的假阳性出现。 最后，选择磁珠，琼脂糖珠还是抗体包被板。这里推荐磁珠。磁珠不需要离心，这可以减少ChIP DNA的损失。缺点就是磁珠要贵一点点。而抗体包被板呢？操作起来较为简单，试验周期较短，但是，DNA得率方面也是不那么稳定。 |
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