【生信技能树】生信小技巧系列课程 (第一季已完更!~)#重制版# 了解并安装R 了解Html网页到源代码dom结构 Html基础知识 Html DOM教程 谷歌浏览器右键查看源代码
爬取数据 了解目标网站 获取第一级检测的软件分类信息 爬取第二检测到软件分类信息
写爬虫,用思维导图展现出来
为什么需要学R语言
各种搜索渠道 了解并安装R 理解R语言与Excel表格在数据处理的异同点 发Rdata给别人 保存成csv 读取文件进R语言,知道自己在哪里
明白R中的变量 了解变量的基础操作函数 变量怎么来,对它们处理什么 凡是英文单词,都是一个函数
数据对象的高级操作 查看函数特性 高级转换 apply系列函数 aggregate split dyplyr reshape2
字符串对象操作
高级分支 统计学 可视化 bioconductor与生物信息学 shiny与网页
创建自己的R包是学R语言的分水岭
生信培训学员请注意 Notepad++. (文本文件和非文本文件)等编辑器 xshell连接终端 命令上传服务器 Winscp 文件下载下来 Git的终端模拟器 everything查找文件 其他生产力工具 everything, typora, 坚果云
为什么学编程 一个例子 逻辑思维的获得 学什么语言 awk建议了解基础 perl建议不学 python强烈推荐 java等其他可以了解
学习资源:纸质版书籍 练习为王:生信编程实战 生信编程200题 7. 从NCBI等数据库网站下载大批量原始测序数据生信工作者都在做什么
使用代码 nohup 写循环 OSCC文章数据重新处理 脚本下载 数据处理
搜索公号 TCGA教程
了解癌症类型 会一些shell命令 批量下载脚本 提前下载好所有TCGA癌症数据
生信工程师培训课程 四大公开课 Perl, R, linux, Java
了解RNA-seq实验环节 了解RNA-seq应用 蛋白质编码基因结构 新型蛋白质编码基因 基因表达的量化和比较 表达数量性状基因座 单细胞RNA-seq 融合基因 基因变异 长的非编码RNA 非编码小RNA 扩增产物测序(ampli-seq)
了解RNA-seq项目设计的一般原则 根据测序策略及各个分组是否有重复来实战 了解一些实战导读 一个植物转录组项目的实战 一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定 诺和公司报告 jimmy的GitHub
目前主流的是表观调控和多组学 数据处理的流程 其他应用方向如何自学
生信工程师3大类 生物信息学在各个领域的应用 如果做应用项目研发领域的工具研发 其他领域占绝大多数
交互式自动化报告 markdown及系列套件推荐 maftools: summarize, analyze, visualize MAF files php+css+html+js也可以,典型就是multiple python的jupiter也可以 基本就是pdf, html无缝连接,注意样式
至少先会R语言 每个数据集综合分析,有专业背景 有一些meta分析是阴性结果 研究类型看视频范文
通常是六种数据 代码和数据库看公号教程 实验设计 实验技术路线 数据分析 可视化分析结果
有转录组背景知识 分析公共数据的需求 数据在——范例文献 转录组处理流程,得到表达矩阵 比较不同的转录组表达定量软件 10X流程 seurat流程 scater流程
新媒体插件 复制URL链接 发布素材方式 Cmd markdown 代码编辑器
|