【原】世上至强 植物 phasiRNA 数据分析流程！

写在前面

没错，标题党就是我！
这几天在忙课题的一些东西，其中涉及到一些 PhasiRNA 数据分析。讨论了一下，发现了一些陈年老 bugs。主要原因在于需求变了，所以代码逻辑也事实上需要更新。

更新了逻辑，准确性提高了

估计花了两个多小时，定位到了逻辑可调整的位置，一顿乱改。测试了下来，
水稻大概112套小RNA测序数据，开 60 个线程，不到两分钟，鉴定完出所有PHAS位点。我印象中 30M 的reads，即使是单线程也只是50s左右？逻辑调整，可能还是稍微有点影响。不过没啥关系。
出来的结果，似乎假阳性有一定的降低。当然本身结合下游过滤步骤，假阳性其实 很低。

增加了出图步骤，方便人工校准

前述，海南道明寺和小庭子在夏老师的指导下，对数据库做了一次不错的更新，增加了 PHAS位点的可视化。

感兴趣的可以登录 http:/// 查看。

事实上，这个非常实用。人工校准，可以说是目前小RNA数据分析绝不可少的步骤。当然，在数据库上，重点就在于用户可以查看。图片是使用 ggplot2 绘制的，数据则是 python 脚本处理的。这个图的绘制方式，其实是文献中常见的PHAS位点可视化方式。项目这段时间不是我的工作重点，所以我前面主要只做了解。其中可以加速的步骤有很多，最简单的包括 py准备数据时可以注意内存损耗和频繁遍历，R绘图的调用要考虑终端调用的成本。

既然流程更新了，很明显，我认为这个可视化确实实用（Emmm，值得进一步加速），于是用 JIGplot 实现了类似的图。

是的，JIGplot 直接可以输出可交互的图片。然而在此处没啥用。不过 JIGplot 其实支持直接出图~~ 测试了下，大概2600+个 PHAS Loci。

单线程的情况下 10分钟搞定！换句话说，如果是开 60个线程，其实...加上开销，我估计 一分钟 搞定，没啥问题。

题外话，IGV-sRNA

还是要提一下，IGV-sRNA，我自认为这个工具应是目前植物小RNA数据分析必备！当然，其人工校正 PHAS 位点的部分可以用通过上线取代。但是他的交互，和多组学数据整合，以及其他专门定制的植物小RNA数据人工探索功能，几乎是无法被取代~~~还是贴一下张图。

说实话，真的流弊，而且有用。之前我做的部分改进已经PR到IGV官方版并被接收啦。

写在最后

这里贴上之前写了一半的推文，我应是不会完善他了。不过希望我的朋友们明白，我一直都会是积极乐观，也非常感谢各位的关注和支持。

Emmm... 最后还是要补充，流程属于sRNAminer的一部分，一个高效（超高速）且跨平台（超顺手）的 植物小RNA 数据分析工具，不过我估计他不会太快面世，毕竟....还有很多其他东西要整。所以感兴趣的，直接给PI: [e-mail] 丢邮件。
当然，如果你有不错的物种或者数据，比如课题组做了某个物种的基因组测序和小RNA测序，那么应该试试 sRNAanno 的小RNA注释服务http:///。免费且快速，高效而专业。