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ChIP-seq或染色质免疫沉淀和测序是一种技术，允许研究人员通过在全基因组范围内绘制蛋白质-DNA相互作用和表观遗传标记来理解转录调控。与以前的方法相比，ChIP-seq具有几个优点，例如ChIP芯片，但与所有技术一样，ChIP-seq也有其局限性。 ChIP-seqChIP-seq是下一代测序的首批应用之一，该测序是在2000年代中期开发的。其前体ChIP芯片通过与微阵列杂交分析片段，显示DNA-蛋白质相互作用。使用下一代测序的ChIP-seq可以直接测序目标片段，而不是将它们杂交在阵列上。
简而言之，ChIP-seq涉及用甲醛处理细胞以在体内将结合蛋白与DNA交联。然后使用超声处理将染色质剪切成200-600bp范围内的较小片段。
对靶蛋白特异的抗体用于免疫沉淀DNA-蛋白质复合物。最后一步涉及逆转交联和DNA的释放，其在任何下一代平台上测序以鉴定蛋白质结合的序列。
ChIP-seq的优点与ChIP芯片相比，ChIP-seq技术可实现单碱基对的分辨率，更少的伪像，更好的覆盖范围和更大的动态范围。优异的碱基对分辨率是最重要的优势之一，因为阵列在杂交过程中具有基本的不确定性，这限制了分辨率。虽然ChIP芯片的分辨率因阵列而异，但通常在30-100bp范围内，但ChIP-seq具有单核苷酸分辨率。
绕过杂交过程对ChIP-seq有额外的好处。在ChIP芯片的杂交过程中，不完全匹配的序列之间可能存在交叉杂交，这增加了信号噪声。由于直接测序方法，ChIP-seq本质上不受这些噪声源的影响。但是，可以使用ChIP-seq接收一些GC偏差。
与其他方法相比，ChIP-seq提高了分辨率。阵列的强度信号可能不完全是线性的，并且阵列的动态范围限制在饱和点之外。这导致它们在ChIP芯片中被遮挡，但不是ChIP-seq实验。与ChIP芯片的检测下限相反，ChIP-seq没有有限的动态范围。
下一代测序技术意味着基因组覆盖不限于固定在阵列上的探针序列。重复基因组区域，如异染色质或微卫星，通常在阵列上被掩盖，但可以使用ChIP-seq进行有效分析。
ChIP-seq在样品数量方面比ChIP芯片更具优势，因为ChIP-seq需要更少的量。ChIP-seq产生更精确的蛋白质结合位点列表和转录因子，增强子和序列基序的鉴定。可以使用ChIP-seq分析染色质和组蛋白变体的核小体定位和翻译后修饰。这种分析尤其受益于增强的空间分辨率。
ChIP-seq的局限性ChIP-seq的主要限制是访问和成本。研究人员可以通过开发自己的构建库的协议来降低成本，但总体价格必须进一步降低，以与其他方法相媲美。ChIP芯片技术每个阵列的成本约为400-800美元，而ChIP-seq的成本为每通道1,000-2,000美元（对于一个这样的下一代平台）。
因为ChIP-seq在免疫沉淀中使用抗体，所以数据的质量依赖于抗体的质量。几种市售抗体的质量差异很大，不仅在供应商之间，而且在批次之间。可以验证抗体质量，但是这样的过程是费力且耗时的。
需要将ChIP-seq产生的谱中的峰与对照样品中的相同基因座进行比较，以确定峰的显着性。这通常在免疫沉淀之前用DNA进行，处理DNA但缺乏抗体，并且使用不具有DNA结合或染色质修饰参与的抗体（例如IgG）。这使科学家能够克服可能已经引入的各种伪影，但目前尚未就哪种控制最合适达成共识，这三种方法的一致性可能不同。
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