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结直肠癌靶向测序揭示APC基因的潜在预后功能

 生物_医药_科研 2019-05-14

近期,发表在Nature Communications 上的一项新研究结果揭示,多种基因突变会影响结直肠癌患者的生存与预后。

莫非特癌症研究中心、吉布斯癌症中心等机构的研究人员对500份结直肠癌样本进行靶向panel测序,重点关注1300多个已知或者疑似具有致癌性的基因,进一步结合病人的生存信息后,鉴定出17个潜在致癌基因,这些基因突变的频率与癌症基因组图谱(TCCA)报道的结直肠癌(CRC)肿瘤突变频率接近。

其中,APC基因突变对结直肠癌的预后作用尤其明显。研究人员根据突变模式,提出了应用于CRC的APC分类系统,其中包含了5种突变类型。

作者在文章写道:“我们已经开发出一套应用于CRC预后的五类多基因突变分类系统,其中APC基因起到了关键作用。我们认为除了已知的用于癌症分类预测的BRAF、KRAS和TP53基因外,APC基因突变评估在常规的临床癌症预测中也非常有用。而且最终将帮助我们通过识别高风险与低风险群体,提升选取合适治疗方案的效率。”

该研究通过深圳华大的SureSelect靶向捕获和Illumina GAIIx测序,从468个CRC样本的1321个基因中搜寻相关的预后突变信息。同时按照Bethesda panel指南对样本进行微卫星不稳定性(MSI)分析。

该研究发现对高不稳定性(MSI-high)的肿瘤组织而言预后一般会较好,13%的样本符合分析结果。这一发现与已有研究结果一致。但如果高不稳定性的肿瘤中同时含有BRAF突变,会导致存活率降低。

在微卫星稳定的肿瘤组织(MSS)中,研究人员发现了3个基因与癌症转移显著相关:APC、TP53和KRAS。同时含有这三种基因突变的肿瘤一般都属于恶性肿瘤。该研究中,超过1/5的CRC样本都发生了转移。如果病人同时含有2个APC突变,KRAS基因突变和TP53基因突变,那么一般很难获得较好的治疗。另外,研究人员还表示,对仅含有一个APC突变的肿瘤病人而言,无论是APC突变单独存在还是和KRAS或者TP53基因突变同时存在,会比不含有APC基因突变的病人存活时间更长。

作者表示:“我们认识到APC基因的预后功能,将帮助我们进行更加详细的突变分析以及更大样本规模的研究。”

参考文献:A multigene mutation classification of 468 colorectal cancers reveals a prognostic role for APC. Nature Communications 7, Article number:11743 doi:10.1038/ncomms11743.

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