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APE是一款序列分析软件，可以对序列进行分析比对，引物设计，DNA序列翻译等等，因此它的用途是十分广泛的，如分子克隆等。那么今天就给大家介绍一下它的下具体应用步骤吧。 1 打开软件后，点击File-new，建立对话框，复制所要分析序列。或者点击open，打开下载的序列(fasta或者gb格式)。
2 点击Enzymes,进入Enzymes select，可以对序列进行包含酶切位点分析，在进行克隆实验时，尽量避免选择序列所包含的限制性内切酶，避免插入片段被酶切。为克隆实验提供参考。
3 选中序列后，点击Tool中Find primer,软件默认引物长度为20-25nt，GC含量45-60%，Tm值55-60度，软件可以自动分析序列，设计特异性引物，非常方便。
4 打开两个序列文件，点击Tool中Align two sequence, 可以对两个文件进行序列比对，其中不同序列部分软件进行红色标注，一目了然。
5 选中序列后，点击Tool中 sgRNA可以进行辅助设CRISPR/CAS9引物。建议作为参考。
6 选中序列后，点击Ctrl+T,可以将选中序列翻译为蛋白质序列。
ApE软件的链接，供下载使用： http://biologylabs./jorgensen/wayned/ape/ |
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