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元末农民大起义中崛起的朱元璋先后削平江南群雄后于公元1368年称帝，北伐彻底摧毁了元朝残余势力，开始了长达277年的明朝统治。
明初，黄河承元末之旧，由于财力困难，百废待兴，未能对黄河进行大规模的治理。呈现河道混乱、多支并流、变迁频繁、河患严重的局面。明初黄河一般为向南经淮河流入黄海，其入淮河道较大的有贾鲁故道、涡水、颍水，此外还有一些较小的支流。除南流外，明初黄河还时常北决，冲入山东运河。这些支流此决彼淤，迭为主次，黄河不断作南北摆动，其河患的发生地集中在河南境内，尤其是开封上下决溢次数极为频繁。
直到永乐年间疏浚贯通大运河后，供应宫廷、百官俸禄和军饷的东南漕粮由运河“一衣带之水”输达北京，保证运河的安全畅通成为明朝至关重要的军国大事。明代运河既要用黄河之水，又要避黄河冲决之害，“非假黄河之支流，则运道浅涩难行，但冲决过甚，则运道反被淤塞。利运道者，莫大于黄河；害运道者，亦莫大于黄河”（王軏《处河患恤民穷以裨治道疏》，《明经世文编》卷一百八十三）。
由于保障漕运成为明代治理黄河的行动准则，梁山是大运河的水脊地带，成为仅次于黄、淮河穿运处的重要水利枢纽，期间，黄河对于梁山自然亦是祸福并存，贯穿整个明代。
明初，黄河主流仍走贾鲁治河后的故道，“自曹县西南的黄陵冈向东南行，经单县南、砀山北至徐州附近入泗水”（《中国三千年运河史》），借淮入海。
洪武元年（公元1368年）黄河“决曹州双河口，入鱼台”（《明史·河渠志》），梁山一带被淹，“寿张县城（今寿张集）圮于水”（《梁山水利志·大事记》）。“此次黄河决口，洪水冲开寿张诚西门，于城西汇成支流，后称为林秭河。县城被迫南迁（15里）到薛屯，一年后又迁至黄河北，即今寿张”（《山东省梁山县地名志·寿张集》）。
洪武二十四年（公元1391年）四月，黄河又在原武黑洋山大决，分而三：一支东经开封城北五里，折向东南流，再经陈州、向城、太和、颖州、颖上，至寿州正阳镇入淮，后人称为“大黄河”；一支仍东走徐州以南入淮，因水流较小，后人称为“小黄河”；另一支由曹州、郓城漫东平之安山（湖），致使元代开凿的会通河淤塞。《济宁山水志》称“这是黄河第十八次大徙，第五次流经济宁（梁山）境”。大运河因之被迫断航达二十年之久。
永乐九年（公元1411年）宋礼疏浚会通河，“使大河由封丘金龙口至鱼台县塌场，会入汶水，经徐、吕二洪向南入淮河，恢复了主河东流的局面”。但宋礼重浚会通河时以汶水为水源建南旺分水枢纽，在设置安山湖水柜时，从金龙口引黄河水循济水故道入之济运，作为南旺诸湖的补充，这个黄河入梁山的支流就是柳长河。
黄河主流回归东流故道后，河南境内仍未建立强固的堤防工程，所以，大汛时首当其冲。由于黄河人为地往北分水，常常造成主溜夺枝向北决口，梁山一带频遭水灾，并冲毁张秋会通河运道，使漕运时时处于黄河洪水威胁之下。
正统十三年（1448年），黄河决于陈留县金村堤及黑潭南岸，不久，新乡八柳树和荥泽均决口，河流分为三股：一支“自新乡八柳树，漫曹、濮，抵东昌，冲张秋，溃沙湾，坏运道，东入海”；一支自荥泽“漫流于原武，抵开封、祥符、扶沟、通许、洧（wěi）川、尉氏、临颖、郾城、陈州、商水、西华、项城、太康”，南入于淮；东出徐州的贾鲁故道水流微弱，“徐、吕二洪遂浅涩”（《明史·河渠志》）。
明孝宗弘治二年（公元1489年），黄河大决于开封及封丘金龙口，洪水四散奔流，郡邑多被害。《明史·河渠志》载：“五月，河决开封及金龙口，入张秋运河，又决埽头五所入沁”。这次决口后，形成南、东、北三面分流的局势，向南流的分为三支，一支由颖水，两支入涡河，统汇入淮河入海。北流自原武经阳武、祥符、封丘、兰阳、仪封、考城至曹州冲入张秋运河。冬季水消，一些决口淤淀，东流成为主流，由祥符翟家口合沁河，出丁家道口，下徐州。《明史·河渠志》载：弘治三年（公元1490年）户部侍郎白昂治河，通过筑堤疏浚等措施，“使河入汴，汴入睢，睢入泗，泗入淮以达于海”。梁山境暂时不走黄河，两年后，即弘治五年（公元1492年）七月，“河势北趋，祥符、兰阳决口数道，冲黄陵岗（今兰考境）犯张秋、戴家庙，掣漕河与汶水会而北行”（《黄河变迁史》）。“这是黄河第二十一次大徙，第六次流经济宁（梁山）境”（《济宁山水志》）。
直到弘治七年（公元1494年）刘大夏治河，断绝黄河北流之路，主流复归兰阳、考城、归德（商丘）、徐州会淮水东流。
河南境内的北岸堤防形成后，南岸也相继修筑了堤防。在明朝后期，尽管河患频仍，但多集中在曹县、单县、沛县、徐州等地，河南境内的决口已较少出现，黄河很少北犯梁山了。
据《黄河水利史述要》，崇祯十五年（公元1642年）九月，李自成率领农民起义军与明军战与开封，明河南巡抚高名衡掘开开封城北朱家寨及马家口（《明史》认为马家口为李自成所决，近认为二口均为明军所决）大堤，“至汴堤以外，合为一流，决一大口，直冲汴城以去，而河之故道则涸为平地”（《明史·河渠志》）。一年多以后，明王朝也就灭亡了
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