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赛哲卫星会 | 磨国鑫:M_ROSE联合NGS在呼吸重症感染诊断中的应用与问题

 生物_医药_科研 2019-08-24

近日,第十三届301呼吸疾病高峰论坛在中国人民解放军总医院内科大楼国际会议中心隆重召开,注册参会的医护人员达2000人。广州赛哲生物有幸参会,为参会代表推广mNGS技术在呼吸重症中的应用。本届论坛创新地将呼吸疾病的讨论按亚专科分为若干板块,并由相关领域一线专家担任版主,关注呼吸重症与感染、肿瘤及介入、慢病康复及管理等,结合实操与临床病例,讨论热点技术与重点话题。

其中,大会主席,解立新教授针对感染与诊断新技术,特邀解放军总医院第一医学中心呼吸与危重症医学科磨国鑫教授,通过结合赛哲生物的宏基因组检测技术背景,带来题为“M_ROSE联合NGS在呼吸重症感染诊断中的应用与问题”的重症感染专题讲座。

 

在讲座中,磨教授首先表示现临床面对感染压力巨大,而因未能及时诊断而导致的延迟或不适当的治疗会增加死亡率和医疗成本。目前的传统检测方法存在一定的局限性,快速准确方便的诊断方法,能帮助患者早日脱离感染的风险。

磨教授介绍道,ROSE是种非常具有时效性的临床检测手段,通过对标本进行实时的细胞形态学分析,在床旁实现快速检测。优势就两个字:“快”“准”。传统检测需要在手术室获取呼吸道分泌物后外送至实验室进行一系列操作检查与微生物鉴定,而ROSE则是在床旁获得气管镜标本后,迅速涂片,染色,并在显微镜下判读结果,耗时只需3-5分钟。M_ROSE能快速判断送检标本是否合格,以及初步锁定致病原和患者免疫状态下对应的感染。

 

磨教授接着介绍mNGS技术。宏基因组病原微生物检测是国家卫生部临床检验中心推荐使用的高通量测序临床应用之一,通过广泛获取标本中病原体的全部基因序列,与已知病原数据库进行比对,分析还原样本中的病原体分布情况,比起传统微生物检测方法有更多的提升。接下来,磨教授就mNGS技术的具体技术细节,对“干”实验和“湿”实验分别进行介绍。他表示,好的检测公司,如赛哲生物,实验室会注意到每个实验的流程细节,并进行参数调整,研制出最适用于临床的检测产品,这就包括了针对临床样本的不同状态预处理的方法,核酸提取方法对DNA、RNA检测流程的影响,数据分析过程中数据量,数据库的选取,mNGS检测灵敏度等问题。

会议主持人:张作清主任(左)与大会主席解立新主任(右)

接下来,磨教授给大家介绍M_ROSE与mNGS联合使用时的技术细节。他尤其关注送检流程环节。他表示,临床的ROSE取样技术能直接影响到后续微生物检测的结果,他以BALF取样举例,介绍了包括取样定位、灌洗液量、回收次数与处理等技术注意事项。除了临床标准化取样流程以外,磨教授还已与赛哲生物合作进行关于ROSE技术标本保存运输测试,以保证标本质量。

相比于传统检测的“独杆钓鱼”来说,mNGS是一种“撒网捕鱼”的方法。而在实际应用中也会遇到一些问题,如破壁、检出阈值与数据量、解读时的致病性判断、感染状态、胞内菌/真菌的检出率较低等,这些问题都需要临床与检测公司充分沟通。不同于传统报告的解读,mNGS报告的解读需要临床理解整个检测操作流程,理解测序端所发生的事件,然后再以报告与临床症状进行对接,最终找出导致感染的病原体真凶。找到获得国家认可的检测公司,如赛哲生物,能为临床提供专业的检测意见。

磨教授紧接着分享了他使用ROSE与NGS结合的重症肺炎的临床案例。病例中,在通过ROSE,镜下可见大量的鲍曼不动杆菌被吞噬,微生物培养显示为耐药的鲍曼不动杆菌感染,这些证据是否就可以确诊为鲍曼不动杆菌感染呢?事实上,mNGS报告结果可见除鲍曼不动杆菌以外,还检测出了军团菌。通过针对性的尿抗原检查,患者获得临床上军团菌感染的确诊。随后,临床覆盖上奎罗酮类药物,同时终止重拳猛击的多种抗生素药物,高效精确地缩短治疗战线。

 

最后,磨主任总结道:ROSE与mNGS联用在呼吸重症感染诊断中能实现“双赢”:一方面,ROSE能把关取样,缩小漫无边际mNGS的检测范畴;同时,mNGS能为ROSE进行补充,能更精确地呈现ROSE所不能看到的病原体。因此,两者结合,能够更精确,更快速,更高效地对患者病情进行评价并指导进行及时的治疗。

赛哲生物
  
   宏微·RPD-seq™(Rapid Pathogens detection in infectious disease by mNGS)是赛哲生物推出的基于宏基因组测序技术进行的感染性疾病病原微生物检测辅助临床诊断的方法,相对于传统常用的检测方法具有快而稳、准确和全面的优势。

   宏微·RPD-seq™通过采集受检者血浆、脑脊液和肺泡灌洗液等样本,提取样本中的核酸并构建宏基因组文库,采用illumina 测序仪进行高通量测序,获得的下机数据结合权威的微生物数据库,进行专业的临床生物信息分析,获得导致疾病的病原体信息,给予受检者准确可靠的微生物检测报告,从整体上判断受检者患病情况,并为临床医生提供诊断和治疗建议。


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