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最新施行的《建设工程质量保证金管理办法》第七条规定：发包人应按照合同约定方式预留保证金，保证金总预留比例不得高于工程价款结算总额的3%。合同约定由承包人以银行保函替代预留保证金的，保函金额不得高于工程价款结算总额的3%。工程质保金预留比例不高于结算总额的5%，也是出自《清理保证金通知》中的要求。实践中虽然大部分工程项目的质保金的预留比例未超过5%，工程质保金3%最新规定但对于一些新型或风险较大的项目，发包人还是会预留较大比例的工程质保金，作为其项目的风险控制措施。在当前竞争激烈的建筑施工行业，很多工程承包项目中承包人的净利润都达不到5%，预留过高的工程质保金无疑会让承包人承受过大的资金压力。并且，工程质保金本质上并不是保修费用，只是一种担保措施。为此，《办法》在限制工程质保金预留比例的同时，推行银行保函制度，规定承包人可以银行保函替代预留保证金，并规定保函金额不得高于工程价款结算总额的5%。根据工程质保金3%的新规定，将保证金上限由5%调整至3%，而且保证质保期不得超过两年，质保期过后就可以退换质保金。工程质保金属于工程款的一部分，对于甲方预留的质保金，在实务中，有的是开具了发票，但更多的是未开具发票。扣留的工程质保金，施工方是否应当缴纳增值税？房地产企业未支付的工程质保金是否允许企业所得税、土地增值税税前扣除？ 一、增值税方面，对于增值税纳税义务发生时间的界定,总的来讲是“发生应税销售行为的,为收讫销售款项或者取得索取销售款项凭据的当天；先开具发票的,为开具发票的当天发生增值税的纳税义务。工程质保金是包含在工程结算价款之内，工程结算即意味着取得索取收入款项凭据，即便未开具发票，也应当发生增值税纳税义务。但考虑到纳税人的税负以及收取质保金的不确定性，《国家税务总局关于在境外提供建筑服务等有关问题的公告》（国家税务总局公告2016年第69号）的规定，纳税人提供建筑服务，被工程发包方从应支付的工程款中扣押的质押金、保证金，未开具发票的，以纳税人实际收到质押金、保证金的当天为纳税义务发生时间。因此，对施工方未实际收到的工程质量保证金，在未开具发票的前提下，不发生增值税纳税义务。
二、企业所得税方面，一般来说，企业所得税税前扣除应当取得合法有效凭据，属于增值税应税项目的，要求取得发票。但房地产企业共性问题是：因工程结算以及款项支付等各种原因，工程发票取得滞后。根据《国家税务总局关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》(国税发〔2009〕31号)第三十二条规定，出包工程未最终办理结算而未取得全额发票的，在证明资料充分的前提下，其发票不足金额可以预提，但最高不得超过合同总金额的10%。所以，未支付的质量保证金未开具发票的，在合同总额10%以内的，允许企业所得税税前扣除。
三、土地增值税方面，根据《土地增值税暂行条例实施细则》第七条规定，允许扣除的“建筑安装工程费”是指以出包方式支付给承包单位的建筑安装工程费，以自营方式发生的建筑安装工程费。因此，土地增值税清算时，建安工程对外承包方式的，必须取得发票并且必须“支付”才允许土地增值税税前扣除。但对于房地产开发企业预留的工程质量保证金则网开一面。根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）第二条规定，房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除；未开具发票的，扣留的质保金不得计算扣除。因此，房地产企业未支付的质量保证金，在土地增值税清算时，开具发票的，按发票所载金额予以扣除；未开具发票的，扣留的质保金不得计算扣除。
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