由于有限合伙形式可以避免重复纳税，成为绝大多数PE和VC采用的法律架构。然而，对于有限合伙形式的企业，合伙人出资是否缴纳印花税，一直争议不断，税务实践中，各地税务机关的执行也不一样。十月，北京A区地方税务局稽查局针对B基金（有限合伙）做出按实收资本增加补交印花税的税务处理决定及百分之五十的行政处罚，合计近千万。目前，B基金正在向A区地税局提交行政复议申请。
针对合伙人出资额印花税问题的风险做出分析，谨供参考。
第一部分 合伙人出资额印花税问题现状
一、会计核算
会计核算时，对合伙人出资额的做法通常有三种：一是计入“合伙人资本”科目，二是按《证券投资基金会计核算业务指引》，计入“实收基金”科目，三是按《企业会计准则》，计入“实收资本”科目。
二、政策规定
1993年推行《企业财务通则》、《企业会计准则》（以下简称“两则”）后，国家税务总局为衔接新旧会计制度下发《关于资金账簿印花税问题的通知》（国税发[1994]第25号，以下简称25号文），明确统一更换会计科目和账簿后，不再设置“自有流动资金”科目。因此，《印花税暂行条例》税目税率表中“记载资金的账簿”的计税依据已不适用，需要重新确定。“记载资金的账簿”的印花税计税依据改为“实收资本”与“资本公积”两项的合计金额。
25号文下发后，各地税局出现两种截然相反的政策解读。大连市地税局在2013年3月15日回答纳税人提问中答复：合伙企业各合伙人的出资额只要计入资金账簿的“实收资本”和“资本公积”科目，就应按规定计算缴纳印花税。
从大连地税局的回复可知，有限合伙形式，会计核算若适用《企业会计准则》，计入“实收资本”科目，需缴纳资金账簿印花税。不计入“实收资本”科目的，不需缴纳。这种有违税收公平原则的解读，不尽合理。
江苏省地方税务局财产行为税处答复：合伙企业合伙人的出资额，在工商登记时不作为注册资本，按照会计制度的规定，不在“实收资本”和”资本公积”科目核算，因此，对合伙人的出资额无需缴纳资金账簿印花税。
江苏地税考虑了有限合伙企业的特点，但是，在税务实践中，也存在计入“实收资本”科目，被要求交税的情形。
第二部分 合伙人出资额印花税问题简析
一、税收领域对有限合伙形式的企业性质认定
《财政部 国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税[2008]159号）第二条规定：“合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。”第三条规定：“合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则”。
合伙企业实行“先分后税”的原则，确认了合伙企业在所得税方面的“管道”作用，在所得税方面，对有限合伙形式的企业性质认定为非企业法人，不被视为纳税主体，即所得税遵从了《合伙企业法》对有限合伙在企业性质上的认定。
我建议，国家鼓励大众创业万众创新落实在税收领域，印花税也应与《合伙企业法》在企业性质上的认定保持一致，不视为纳税主体。
税务局观点：近期笔者看到两则来自税务局征税的观点，主要是不能以不计入“实收资本”科目作为不交资金账簿印花税的理由，一是“合伙人资本”科目是“实收资本”和“资本公积”科目合并；二是未施行“两则”的企业，不适用25号文，应适用印花税暂行条例规定“自由流动资金”科目为计税依据的规定。我认为，来自税务局的观点围绕科目解读，未在企业性质方面突破。
二、有限合伙形式的主要特点
《合伙企业法》规定，有限合伙至少应当有一个普通合伙人，普通合伙人承担无限连带责任。
然而，《公司法》规定，有限责任公司的注册资本为在公司登记机关登记的全体股东认缴的出资额。公司是企业法人，有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任。根据《企业法人登记管理条例》确认公司的企业法人资格。因此，注册资本的实质是经过登记等一系列程序的法律确认。
综上所述，有限合伙企业是非企业法人，公司是企业法人，两者在企业性质上有着实质不同，并且在对外债务承担责任方面，两者也存在实质不同。
第三部分 合伙人出资额印花税风险提示
目前，资本市场发展较快，税务领域发展滞后，相关税务问题逐渐被税务机关关注，在此提示企业如计入“实收资本”科目，首先在会计核算方面改计入“合伙人资本”科目，避免税务机关依据25号文的规定征收印花税。其次，在政策执行不一致的情况下，建议企业与主管税务机关保持良好沟通与政策咨询，确认税务当局是否认同第二部分有限合伙非企业法人性质，与税务当局的执行保持一致避免风险。
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