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探索SARS-CoV2核苷酸序列

 贝思德管理 2020-02-17

Web数据库获取序列信息。 检索SARS-CoV2基因组的序列信息,从GenBank数据库检索核苷酸序列,并创建一个字符数组。

确定核苷酸组成:

以下过程说明了如何确定单体和二聚体,然后在图表和条形图中可视化数据。 具有较高百分比的A + T核苷酸的DNA序列片段通常表示序列的基因间部分,而较低的A + T和较高的G + C核苷酸百分比表示可能的基因。 CG二核苷酸含量高通常位于基因之前。将序列读入后,可以使用序列统计功能确定序列是否具有蛋白质编码区的特征。 该图显示基因组富含A + T

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将功能basecountchart选项一起使用以可视化核苷酸分布。饼图显示如下:

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按顺序计算二聚体并在条形图中显示信息。

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确定密码子组成:

以下过程说明了如何查看六个ORF的密码子。 三核苷酸(密码子)编码氨基酸,核苷酸序列中有64个可能的密码子。 与表中的预期密码子使用情况进行比较时,了解序列中密码子的百分比可能会有所帮助。

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结论:

分析该序列的密码子组成。 计算核苷酸序列中的密码子。进一步找到SARS-CoV-2诊断、预防或治疗方法。

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