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作者：追风 CRISPR系统为代表的基因组编辑工具发展迅猛，被广泛应用于各种细胞、动物以及植物的定点编辑。新Cas同源物、Cas9抑制剂（Acr）的开发等成果层出不穷。此外，近年来，基于CRISPR-Cas9系统开发的单碱基编辑系统（Base editor，BE）更是如火如荼，新的先导编辑系统（Prime editor，PE）也正在兴起。 工欲善其事，必先利其器。随着CRISPR领域的不断发展，各种生信工具也在不断完善，包括gRNA设计，脱靶预测， BE、PE的gRNA设计，基因编辑结果分析，CRISPR loci预测，Acr预测等等。因此，笔者盘点自己搜集的一些CRISPR相关工具网站，希望能对大家有所帮助。另外，为了方便大家使用，本文只列举直接能使用的工具网站。 一、gRNA设计网站： 设计gRNA无疑需求最大，用的最多，网站也非常多，大家根据自己需求找到合适的就行，差别不大。 Cas9、Cas12的gRNA设计网站 1. https://o/guide-design-resources 2. Cas-Designer： http://www./cas-designer/ 3. E-CRISP： http://www./E-CRISP/ 4. CRISPOR： http://crispor./ 5. CHOPCHOP： https://chopchop.cbu./ 6. GPP sgRNA Designer： https://portals./gpp/public/analysis-tools/sgrna-design 7. GUIDES： http://guides./ 8. sgRNA-PSM： http:///sgRNA-PSM/ 9. CCTop： https://crispr.cos./ 10. WU-CRISPR： http://crispr../ 11.CRISPR-DT：http://bioinfolab./CRISPR-DT/interface/Cas9.php 12. http://www./index/#/predict Cas13的gRNA设计网站 1. CRISPR-RT： http://bioinfolab./CRISPR-RT/ 2. https://cas13design./ 二、脱靶位点预测网站： Cas-OFFinder用的最广，且Cas种类较全。事实上大多数gRNA设计网站都自带脱靶位点预测，大家看着用吧。 1. Cas-OFFinder： http://www./cas-offinder/ 2. CRISPOR： http://crispor./ 三、BE设计网站： 1. BE-Designer： http://www./be-designer/ 2. iSTOP： https://www./istop/#/ 3. BEable-GPS： https://www./rnomics/BEable-GPS/Home# 4. BE-FF： https://www./be-ff 4. http://www./index/#/baseeditor 5. CRISPR-SKIP： http://song.igb./crispr-skip/ 用BE设计外显子跳跃 四、PE设计网站： 1.pegFinder：http://pegfinder./ 五、基因编辑结果分析网站： TIDE和EditR分别是基于桑格测序分析KO结果和BE结果的网站，用的非常广。 1. TIDE：https://tide./ 2. EditR：https://moriaritylab./editr_v10/ 3. DSDecode：http://skl./dsdecode/ 刘耀光院士开发用于解码重叠峰，挺不错 4. CRISPR-GA: http:/// 5. CRISPResso2： http://crispresso2./ 6. Cas-Analyzer： http://www./cas-analyzer/#! 7. BE-Analyzer： http://www./be-analyzer/ 六、CRISPR loci预测网站： 笔者习惯用CRISPRone和CRISPRCasFinder，一些菌属基因组的预测结果可能不完全对，最好两个网站进行比较，自己甄别。 1. CRISPRone： https://omics.informatics./CRISPRone/ 2. CRISPRCasFinder： https://crisprcas.i2bc./CrisprCasFinder/Index 3.CRISPRTarge http://crispr./CRISPRTarget/crispr_analysis.html3. 4.CRISPRDetect http://crispr./CRISPRDetect/predict_crispr_array.html 七、Acr预测网站： 1. AcRanker： http://acranker./ 2.AcrFinder： http://bcb./AcrFinder/ 3.Acr Catalog： http://acrcatalog./catalog/ 八、其他常用网站： 1. MEGA： https://www./ 2.WebLogo： http://weblogo./logo.cgi 3. WebLogo3： http://weblogo./ 4. Mfold： http://unafold.rna./?q=mfold/download-mfold 5. https://www.ncbi.nlm./tools/cobalt/ 6. https://www.ncbi.nlm./ipg/ 温馨提示：目前有基因编辑讨论群，有兴趣的朋友加小编邀请加入！  版权作品，未经PaperRSS书面授权，严禁转载，违者将被追究法律责任。 |
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