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求助细菌qPCR的内参问题

 追着天使拔毛 2020-05-31
大家好!本人在做一个细菌的qPCR,一直使用的内参是16S rRNA, 但是最近发现,16S rRNA的表达量与我目的基因的表达量相差太大,大到16S rRNA在5个循环就已经起峰了,目的基因到26个循环才起峰,而且是起峰马上就到平台期,根本看不到指数扩增,以致于没有办法增加模板量来使目的基因早些出峰。我做过半定量RT-PCR,这个基因在两个菌株中的表达差异确实很大,在一个菌株中表达量很低,这样的情况是不是就要换内参基因?但在细菌中我不知道还有哪些基因可以做为内参,请教高手帮忙,多谢。

前面的峰是内参基因的, 后面的那个是目的基因的



这个是目的基因以总DNA为模板时的扩增曲线



目的基因以总DNA为模板时的融解曲线



这是做半定量RTPCR时的结果,条带是目的基因在两个菌株中的表达情况

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