一、新司法解释与“98条”、“23条”存在明显不同、新增加的重要条文
除修改后的行政诉讼法已经对98条解释的部分内容进行替代外，本次新司法解释也对原来98条、27条解释的部分条文进行了调整，同时新增加一些重要条文。
1、行政诉讼受案范围的除外情形有所扩大，新增内部行为、过程性行为、协助执行行为、层级监督行为、信访办理行为五种不属于行政诉讼受案范围的法定情形；同时协助执行行为只是原则上不可诉，如果行政机关扩大执行范围或者采取违法方式实施的依然属于受案范围。
【98条】第1条第2款 公民、法人或者其他组织对下列行为不服提起诉讼的，不属于人民法院行政诉讼的受案范围：
（一）行政诉讼法第十二条规定的行为；
（二）公安、国家安全等机关依照刑事诉讼法的明确授权实施的行为；
（三）调解行为以及法律规定的仲裁行为；
（四）不具有强制力的行政指导行为；
（五）驳回当事人对行政行为提起申诉的重复处理行为；
（六）对公民、法人或者其他组织权利义务不产生实际影响的行为。
【新司法解释】第1条第2款 下列行为不属于人民法院行政诉讼的受案范围：
（一）公安、国家安全等机关依照刑事诉讼法的明确授权实施的行为；
（二）调解行为以及法律规定的仲裁行为；
（三）行政指导行为；
（四）驳回当事人对行政行为提起申诉的重复处理行为；
（五）行政机关作出的不产生外部法律效力的行为；
（六）行政机关为作出行政行为而实施的准备、论证、研究、层报、咨询等过程性行为；
（七）行政机关根据人民法院的生效裁判、协助执行通知书作出的执行行为，但行政机关扩大执行范围或者采取违法方式实施的除外；
（八）上级行政机关基于内部层级监督关系对下级行政机关作出的听取报告、执法检查、督促履责等行为；
（九）行政机关针对信访事项作出的登记、受理、交办、转送、复查、复核意见等行为；
（十）对公民、法人或者其他组织权利义务不产生实际影响的行为。
2、专门人民法院不审理行政案件从以往“一刀切”的规定调整为“原则性”的规定。新司法解释第3条第2款对铁路法院等专门法院管辖行政案件作出了例外规定。这里的“等”是“等外等”，司法实践中，除铁路法院正在逐步向跨行政区划审理行政案件的法院转变外，海事法院、林业法院、知识产权法院、部分军事法院等专门法院也都在审理行政案件。
【98条】第6条第2款 专门人民法院、人民法庭不审理行政案件，也不审查和执行行政机关申请执行其具体行政行为的案件。
【新司法解释】第3条第2款 专门人民法院、人民法庭不审理行政案件，也不审查和执行行政机关申请执行其行政行为的案件。铁路运输法院等专门人民法院审理行政案件，应当执行行政诉讼法第十八条第二款的规定。
3、被告提出管辖权异议的期间由原来的收到起诉状副本之日起10日内提出修改为15日内提出；且删除了“书面”的形式要件。
【98条】第10条第1款 当事人提出管辖异议，应当在接到人民法院应诉通知之日起10日内以书面形式提出。
【新司法解释】第10条第1款 人民法院受理案件后，被告提出管辖异议的，应当在收到起诉状副本之日起十五日内提出。
4、明确了国家级、省级开发区管理机构的行政主体地位。经国务院、省级人民政府批准设立的开发区管理机构（不仅局限于经济技术开发区管委会，还应包括高新技术产业开发区、国家级新区、工业园区等管理机构）及其所属职能部门以自己名义作出的行政行为，赋予其行政诉讼的被告主体资格。对于其他开发区管理机构及其职能部门的地位，应当以设立该开发区管理机构的人民政府为被告。
【新司法解释】第21条 当事人对由国务院、省级人民政府批准设立的开发区管理机构作出的行政行为不服提起诉讼的，以该开发区管理机构为被告；对由国务院、省级人民政府批准设立的开发区管理机构所属职能部门作出的行政行为不服提起诉讼的，以其职能部门为被告；对其他开发区管理机构所属职能部门作出的行政行为不服提起诉讼的，以开发区管理机构为被告；开发区管理机构没有行政主体资格的，以设立该机构的地方人民政府为被告。
5、明确确认无效的复议决定属于复议改变原行政行为；确认违法的复议决定原则上属于复议改变原行政行为，但复议机关以原行政行为违反法定程序为由作出确认违法复议决定的仍然属于复议维持原行政行为。
【27条】第6条第2款 行政诉讼法第二十六条第二款规定的“复议机关改变原行政行为”，是指复议机关改变原行政行为的处理结果。
【新司法解释】第22条 行政诉讼法第二十六条第二款规定的“复议机关改变原行政行为”，是指复议机关改变原行政行为的处理结果。复议机关改变原行政行为所认定的主要事实和证据、改变原行政行为所适用的规范依据，但未改变原行政行为处理结果的，视为复议机关维持原行政行为。
复议机关确认原行政行为无效，属于改变原行政行为。
复议机关确认原行政行为违法，属于改变原行政行为，但复议机关以违反法定程序为由确认原行政行为违法的除外。
6、将集团诉讼的人数条件从原来的5人以上修改为10人以上；同时诉讼代表人的人数区间也从原来的1~5名修改为2~5名。这样的修改与民诉法的规定保持了一致。同时，明确诉讼代表人还可以委托一至二人作为诉讼代理人，这里是指每一个诉讼代表人都可以委托代理人，还是诉讼代表人作为一个整体进行委托？虽然条文本身没有明确，但结合《民诉法解释》第78条的规定，是指每一个诉讼代表人均可以委托诉讼代理人。此外，从该条解释来看，在确定代表人之后，原告如果再另行委托代理人，应当不在允许范围之内。
【98条】第14条第3款 同案原告为5人以上，应当推选1至5名诉讼代表人参加诉讼；在指定期限内未选定的，人民法院可以依职权指定。
【新司法解释】第29条 行政诉讼法第二十八条规定的“人数众多”，一般指十人以上。
根据行政诉讼法第二十八条的规定，当事人一方人数众多的，由当事人推选代表人。当事人推选不出的，可以由人民法院在起诉的当事人中指定代表人。
行政诉讼法第二十八条规定的代表人为二至五人。代表人可以委托一至二人作为诉讼代理人。
7、关于行政诉讼案件的审理期限增加了调解结案的期限规定，更为合理。同时，增加不计入审限的除外情形。
【98条】第64条 行政诉讼法第五十七条、第六十条规定的审限，是指从立案之日起至裁判宣告之日止的期间。鉴定、处理管辖争议或者异议以及中止诉讼的时间不计算在内。
【新司法解释】第50条第1款 行政诉讼法第八十一条、第八十三条、第八十八条规定的审理期限，是指从立案之日起至裁判宣告、调解书送达之日止的期间，但公告期间、鉴定期间、调解期间、中止诉讼期间、审理当事人提出的管辖异议以及处理人民法院之间的管辖争议期间不应计算在内。
8、新司法解释不再过分强调立案登记制的“登记”含义，立案部门也不能无原则地收下所有的起诉状，成为完全的窗口服务部门，其还是应当履行法定的过滤和形式审查职责。
【27条】第1条第2款 对当事人依法提起的诉讼，人民法院应当根据行政诉讼法第五十一条的规定，一律接收起诉状。能够判断符合起诉条件的，应当当场登记立案；当场不能判断是否符合起诉条件的，应当在接收起诉状后七日内决定是否立案；七日内仍不能作出判断的，应当先予立案。
【新司法解释】第53条第2款 对当事人依法提起的诉讼，人民法院应当根据行政诉讼法第五十一条的规定接收起诉状。能够判断符合起诉条件的，应当当场登记立案；当场不能判断是否符合起诉条件的，应当在接收起诉状后七日内决定是否立案；七日内仍不能作出判断的，应当先予立案。
9、新司法解释修改了行政机关作出行政行为时未告知公民、法人或者其他组织起诉期限的计算规则，虽然起算点仍然是从公民、法人或者其他组织知道或者应当知道起诉期限之日起计算，但最长保护期已经变为“从知道或者应当知道行政行为内容之日起最长不得超过一年。”实际上将正常的6个月起诉期限延长了一倍。将2年修改为1年，主要原因是人民群众法治观念的增强，同时也是综合平衡的产物。同时，删除了“知道诉权之日”的规定。
【98条】第41条第1款 行政机关作出具体行政行为时，未告知公民、法人或者其他组织诉权或者起诉期限的，起诉期限从公民、法人或者其他组织知道或者应当知道诉权或者起诉期限之日起计算，但从知道或者应当知道具体行政行为内容之日起最长不得超过2年。
【新司法解释】第64条第1款 行政机关作出行政行为时，未告知公民、法人或者其他组织起诉期限的，起诉期限从公民、法人或者其他组织知道或者应当知道起诉期限之日起计算，但从知道或者应当知道行政行为内容之日起最长不得超过一年。
10、对于当事人在庭审中拒不服从法庭指挥、拒不陈述举证的，新司法解释开始探索规制举措，对于经当庭释明后仍拒不服从指挥，可以按撤回起诉、撤回上诉处理。
【新司法解释】第80条第1款 原告或者上诉人在庭审中明确拒绝陈述或者以其他方式拒绝陈述，导致庭审无法进行，经法庭释明法律后果后仍不陈述意见的，视为放弃陈述权利，由其承担不利的法律后果。
11、对于复议决定改变原行政行为错误的案件，在裁判方式上作出了更加合理、周延的规定。
【98条】第53条第2款 复议决定改变原具体行政行为错误，人民法院判决撤销复议决定时，应当责令复议机关重新作出复议决定。
【新司法解释】第89条 复议决定改变原行政行为错误，人民法院判决撤销复议决定时，可以一并责令复议机关重新作出复议决定或者判决恢复原行政行为的法律效力。
12、对确认行政行为无效与撤销行政行为不同诉讼请求之间的转换作出了细化规定，强调了人民法院的释明义务。
【新司法解释】第94条 公民、法人或者其他组织起诉请求撤销行政行为，人民法院经审查认为行政行为无效的，应当作出确认无效的判决。
公民、法人或者其他组织起诉请求确认行政行为无效，人民法院审查认为行政行为不属于无效情形，经释明，原告请求撤销行政行为的，应当继续审理并依法作出相应判决；原告请求撤销行政行为但超过法定起诉期限的，裁定驳回起诉；原告拒绝变更诉讼请求的，判决驳回其诉讼请求。
13、将出庭应诉的行政机关负责人范围扩大到其他参与分管的负责人，不再局限于机关的正职、副职负责人，更加符合行政管理的实践；同时明确规定“被诉行政机关不得仅委托律师出庭”。此外，被诉行政机关负责人出庭应诉的，应当在当事人及其诉讼代理人基本情况、案件由来两处都要列明。以往做法很不统一，有在当事人称谓部分列明的，有在案件由来部分载明的，还有的两个地方都载明的。
【27条】第5条 行政诉讼法第三条第三款规定的“行政机关负责人”，包括行政机关的正职和副职负责人。行政机关负责人出庭应诉的，可以另行委托一至二名诉讼代理人。
【新司法解释】第128条 行政诉讼法第三条第三款规定的行政机关负责人，包括行政机关的正职、副职负责人以及其他参与分管的负责人。行政机关负责人出庭应诉的，可以另行委托一至二名诉讼代理人。行政机关负责人不能出庭的，应当委托行政机关相应的工作人员出庭，不得仅委托律师出庭。
第129条第2款 被诉行政机关负责人出庭应诉的，应当在当事人及其诉讼代理人基本情况、案件由来部分予以列明。
14、在复议机关作共同被告的案件中，明确需要承担赔偿责任的，复议机关只对加重部分造成的损失承担赔偿责任；同时对于不符合起诉条件、复议决定又维持的案件，一并裁定驳回起诉。
【27条】第10条第5款 原行政行为被撤销、确认违法或者无效，给原告造成损失的，应当由作出原行政行为的行政机关承担赔偿责任；因复议程序违法给原告造成损失的，由复议机关承担赔偿责任。
【新司法解释】第136条第6款 原行政行为被撤销、确认违法或者无效，给原告造成损失的，应当由作出原行政行为的行政机关承担赔偿责任；因复议决定加重损害的，由复议机关对加重部分承担赔偿责任。
第7款 原行政行为不符合复议或者诉讼受案范围等受理条件，复议机关作出维持决定的，人民法院应当裁定一并驳回对原行政行为和复议决定的起诉。
15、新司法解释赋予了制定机关在规范性文件附带审查案件中的程序参与权、表达权；同时明确规定人民法院审查后认为被诉行政行为依据的规范性文件不合法的，是在裁判理由中予以阐明，言下之意不宜在判决主文中作出文件不合法的结论。
【新司法解释】 第147条 人民法院在对规范性文件审查过程中，发现规范性文件可能不合法的，应当听取规范性文件制定机关的意见。
制定机关申请出庭陈述意见的，人民法院应当准许。
行政机关未陈述意见或者未提供相关证明材料的，不能阻止人民法院对规范性文件进行审查。
第149条第1款 人民法院经审查认为行政行为所依据的规范性文件合法的，应当作为认定行政行为合法的依据；经审查认为规范性文件不合法的，不作为人民法院认定行政行为合法的依据，并在裁判理由中予以阐明。作出生效裁判的人民法院应当向规范性文件的制定机关提出处理建议，并可以抄送制定机关的同级人民政府、上一级行政机关、监察机关以及规范性文件的备案机关。
16、将98条解释中申请执行的期限统一修改为2年，不再区分自然人和组织，与民诉法保持一致。
【98条】第84条第1款 申请人是公民的，申请执行生效的行政判决书、行政裁定书、行政赔偿判决书和行政赔偿调解书的期限为1年，申请人是行政机关、法人或者其他组织的为180日。
【新司法解释】第153条第1款 申请执行的期限为二年。申请执行时效的中止、中断，适用法律有关规定。
【民诉法】第239条第1款 申请执行的期间为二年。申请执行时效的中止、中断，适用法律有关诉讼时效中止、中断的规定。
