后来，他的弟子子贡问起这件事，“少正卯是鲁国的名士，先生杀了他不觉得失策吗？”孔子摆出五种罪恶，“人有五种罪恶，而盗窃罪尚且没有达到这五种罪的深重程度：第一种是心思通达而为人阴险；第二种是行为乖僻反常而固执不改；第三种是言辞虚伪无实却十分雄辩能打动人心；第四种是所记多为怪诞之说，却旁征博引言之凿凿；第五种是顺助别人的错误还为其掩饰辩白。人只要具备其中一种，就不免被君子所杀，而少正卯五罪同有，不可不杀！”孔子为了说服他的弟子，还举出历史上好几个同类事件。比如，圣王商汤杀了尹谐;文王杀了潘正;周公大贤，还杀了弟弟管叔和蔡叔;姜太公杀掉华士等等。可见，要想天下太平，就要杀掉恶人。
但是从孔子当时所处的客观的政治环境来说，如果他真的杀了少正卯，这件事很可能会被他的政敌所利用。时逢孔子在鲁国出道当上大司寇，挤倒了当时鲁国老贵族臧孙氏，属于空降式人物。孔子当时一定是战战兢兢如履薄冰，言行举止都非常谨慎。后来孔子又把一些平民弟子以跨越社会等级的方式，带进鲁国政局，挤占了不少原本属于其他贵族的有利资源。如果他敢如此大胆行事，早被蛰伏的政敌赶走了。
另外，从孔子的为人原则也不允许他做这种事，孔子不是个恶毒狠辣的人，也绝会会靠杀人来震慑朝野，排斥异己，对政见不和者格杀勿论，还暴尸三日。有一则故事也能否定孔子杀掉少正卯一事。孔子老年时，三桓家族最牛的季孙氏族长季康子曾去请教孔子，应该如何管理朝政。季康子的观点是：“如杀无道，以就有道，何如?”我想杀个无道的人，把国家纠正到“有道”上面来，您认为怎么样?孔子回答他：“子为政，焉用杀?子欲善而民善矣。君子之德风，小人之德草，草上之风必偃。”你当政哪里用得着杀戮?你自己行为向善去引导民众向善就可以了。君子的行为准则就像风，底下小老百姓的就像草，风怎么吹，草怎么倒。所以你只需要做好自己就行。 很明显，孔子是非常反对杀人慑法的。
最后说少正卯， 少正是一个官职，“卯”才是他的名字。然而，当你查阅春秋官职，会发现鲁国根本没有“少正”一职，在郑国才设有“少正”那么也同样不可能有少正卯这个人。由此，更加证明了这个故事的虚无。
那为何会以讹传讹，这样一件事会风传如此久远呢？大概因为当时的大环境，百家争鸣，各种学说大融合，孔子作为儒家先师，很可能是被莫名牵连的缘故吧。
