写在前面作为一名科研狗,重来,是研究生,想来最重要的就是课题能否顺利的进行,当满心欢喜的搞好了实验设计发给老板,一天不到就被打回来,内心那是满满的崩溃 但是和小伙伴出去浪一下,不对,是学术交流一下 听他们说说不靠谱的实验设计做不下去了,要换题重头来,马上就释怀了,还有点窃喜老板指出了至关重要的问题。所以今天我们就聊聊我之前实验设计的关键性的问题——lncRNA非常低的保守性。 这个问题对于只想发个5分以下文章的朋友来说无关痛痒,请自动忽略。但是如果你想让自己的文章高大上,加一点动物实验,那么问题来了,你最爱的那个lncRNA在小鼠中有同源序列吗?研究发现,人与小鼠间lncRNA的保守性仅20%,那么你是否是那幸运的20%呢?如果不在那20%还有没有办法做动物实验呢?接下来我们康康如何找到lncRNA的同源序列。 最简单的方法就是NCBI 直接搜索,就拿经典的 lncRNA Xist 举个栗子,首先进入 NCBI 选择 Gene 数据库 ,输入Xist,如果你在 Results by taxon 这个位置看到了Mus musculus,那么恭喜你,你就是幸运的那20%,你研究的lncRNA在人和小鼠当中都存在。 当然对于我们大多数人而言,可能就没那么幸运了。所以这里我们就来说一下80%的情况。这个时候我们可以参考一篇2018年发表在nature medicine上的文章,作者团队是最初是在小鼠中发现一个lncRNA MeXis并研究其作用,最后在人体细胞中验证功能。这里我们就借鉴这个文献的方法来尝试去寻找那80%的解决办法。
基于之前的研究,作者知道Abca1是LXR的一个调节因子。由于lncRNA的功能常与邻近基因功能相关(所谓的cis调控)。所以基于基因组位置定位。作者找到了Abca1邻近的lncRNA MeXis(AI427809)。作者在人体细胞验证时,同样以ABCA1的定位作为参考。接下来我们实际操作一下。 3. 默认的是不存在其他物种同源性比对的结果的。所以我们需要调整出同源性区域。在 Comparative Genomics 的 conservation 选择 full。 4. 接下来选择lncRNA MeXis(AI427809)区域,可以看到鼠 MeXis 在人类中的同源区域。点击同源序列区域进入到 Multiz Alignments 界面,将鼠标放在Human的B的位置会显示MeXis对应在人类中的同源序列区域是chr9:107,813,887-107,833,248
这个就是找到同源lncRNA的方法,当然啦,可能这种方式找到的lncRNA在位置上有一定误差,可能部分重合,还要结合后续实验验证,今天就到这里啦。 对于lncRNA的跨物种研究,由于其保守性相对来说很低,所以想要找到相同基因在不同的物种上,可能需要花费一些时间。以上提供了一个简单的操作方法。有需要进行跨物种的研究lncRNA的,可以试一下。另外对于跨物种序列的比较。一般而言都是通过进化分析来看的,关于进化分析的基本操作以及可视化,可以参考今天的后面几条推送哦。
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