【原】双向功能（编码和非编码）RNA数据库介绍

我们都知道，RNA根据其蛋白质编码能力与否分为mRNA和ncRNA，字面意思，mRNA会翻译为蛋白质来发挥作用，而ncRNA则作为调控因子在RNA水平发挥功能。然而越来越多的研究发现，许多先前注释的ncRNA可以编码小肽来发挥功能，比如lncRNA HOXB-AS3编码的小肽抑制结直肠癌的增殖。另一方面，一些mRNA也被证明具有非编码功能，而与它们编码的蛋白质无关，例如p53的mRNA可以与MDM2相互作用，阻断E3连接酶的活性，刺激p53 mRNA的翻译。说明在某些情况下，某些mRNA能够发挥与ncRNAs类似的调控功能。我们把这种既能以RNA形式发挥功能，又能以蛋白形式发挥功能的RNA称为cncRNA (coding and non-coding RNAs), 也叫双功能RNA。

既然这么新鲜，那今天就给大家介绍一个具有双功能RNA的数据库：cncRNAdb（http://www./cncrnadb/）。目前该数据库收录了约2600条人工整理的cncRNA功能条目，并提供了实验室依据，涉及20多个物种的2000多个RNA（包括1300多个翻译的ncRNA和600多个未翻译的mRNA）。

下面我们就其菜单栏的主要功能进行简单介绍一下。

01

Search

此处包含3类检索方式，分别为关键词检索、位置检索及比对检索。

（1）Keyword Search

可以通过Gene Name或Disease Name来检索cncRNA。

我们以人的非编码mRNA-VEGFA为例进行操作。首先，选择RNA type，这里提供两个选项（Untranslated mRNA、Translated ncRNA），这里我们选择Untranslated mRNA，物种选择人，选择Gene name后输入VEGFA，这里进行精确搜索，点击Search。

所有的cncRNAs结果以表格形式呈现，通过Download可以下载该结果。

Detail一列会显示该条目的详细信息。我们以VEGFA作为调控性mRNA为例，进入详细页面，此处我们点击more。

在详细页面，包括cncRNA ID、RNA名称、cncRNA类型、翻译肽的长度（仅针对翻译的ncRNA）、组织和物种等信息。

Basic Information：包括cncdb ID、基因名称、基因ID、染色体位置、序列及物种信息。

Evidence support：包括验证cncRNA的具体模型、实验方法、组织以及实验支持描述。

Orthologues：cncRNA在其他物种（人，黑猩猩，小鼠，果蝇和斑马鱼)的直系同源基因情况。

References：与cncRNA相关的文献信息和描述。

Related Subcellular Localization, Related Diseases, Related Interactions: 与cncRNA相关的亚细胞定位，疾病和相互作用信息。

其中OMIM 全称叫做Online Mendelian Inheritance in Man，是一个不断更新的人类孟德尔遗传病的数据库，主要关注人类基因变异和表型性状之间的关系。

（2）Locus Search

根据基因所在染色体具体位置进行检索。

主要检索方法同上，选择正确的染色体后，输入基因组所在区域，点击Search。

结果解读同上。

（3）Blast Search

这里主要是依据输入的序列进行检索。

选择RNA type后，选择要输入序列的类型，此处以蛋白序列为例，输入蛋白序列后，点击Search.

结果解读同上。

02

Browse

在cncRNAdb的最新版本中，所有的cncRNA均可以分为两类：翻译的ncRNA和未翻译的mRNA。翻译的ncRNA进一步可分为6个子类别：lncRNA，pri-miRNA，circRNA，sRNA，rRNA和非翻译区（UTR）。未翻译的mRNA分为三个亚类：regulatory mRNAs, scaffold mRNAs and sponge mRNAs。

以lncRNA为例，点击进入，将显示该数据库内所有物种的lncRNA作为cncRNA的结果。

至于菜单栏的其他功能，看字面意思就已经很清楚了，而且小编之前在介绍别的数据库时已经做过详细介绍，所以这里就不过多介绍啦！