针对湿困中焦，脾不升清，胃不降浊之病机，设芳化、清化、苦温、清利等药对。如藿香配白蔻，芳香化浊；青蒿配佩兰，芳化湿热；苍术配厚朴，苦温燥湿；滑石配通草、竹叶，清利湿热。皆为芳香淡渗之药，不用燥热之品。使中枢运转，则清升浊降，上下宣通，湿浊得化，阴阳得位。
针对肝郁不达，影响脾胃升降纳运功能，设疏肝、抑肝、敛肝、柔肝等之不同药对。如柴胡配枳壳疏肝，柴胡配防风抑肝，枸杞子配白芍柔肝，白芍配乌梅敛肝。以求肝郁得疏、肝体得养、肝用得复，调肝可以安中。
脾胃互为表里，肝胆脾胃互相影响。胆主动升，肝主静降，胆逆则热，肝逆则寒，阳明多实，太阴多虚，在胃多热，在脾多寒。故证多寒热夹杂，用辛开苦降、辛开酸泄、咸寒润通等药对。如吴萸配黄连，辛开苦降；乌梅配干姜、花椒、半夏，辛开酸泄；全瓜蒌配玄明粉，咸寒通润。
针对肝热腐化胃液或中虚水湿停滞所致泛酸，设温中、化瘀、清热、护膜、理气制酸之药对。如乌贼骨配红豆蔻，温中理气制酸；乌贼骨配浙贝母，清热散结制酸；乌贼骨配瓦楞子，化瘀止痛制酸；瓦楞子配凤凰衣，护膜止痛制酸；瓦楞子配娑罗子、白芍，理气止痛制酸。治疗泛酸症又当究其因、辨其证、选其药。若伴嘈杂者，当清泄肝火，如丹皮配栀子；伴便溏者，当温中健脾，如干姜配白术。
针对胃痛日久，由气及血，络滞血瘀，不通则痛，药对有理气、散寒、化瘀、温经、泄热、缓急之不同。如香附配元胡索，理气止痛；炮姜配肉桂，温中散寒止痛；五灵脂配蒲黄，化瘀止痛；当归配桂枝，温经通阳止痛；川楝子配元胡索，泄热止痛；炙甘草配白芍，缓急止痛。
嗜食膏粱厚味积热，或五志过极化火，以致慢性胃炎呈热证、实证表现者，当清胃热、降胃火、化瘀毒。此类药对分别具有清热降胃、清热养阴、清热燥湿、清热消瘀、清热散结、清热生津之功。如竹茹配知母，清热降胃保津；蒲公英配石斛，清胃热而养阴；蒲公英配黄连，清胃热而燥湿；大黄配赤芍、失笑散，清热散瘀止痛；蒲公英配白芷，清胃热而消肿；蒲公英配天花粉，清热而生津。
胃以通降为顺。嗳气、呃逆、呕吐、反胃等症，每因胃气上逆所致，选用分别具调气、温中、泄热、开郁、平肝、化浊等功效的药对。如半夏配木香，降逆调气止痛；丁香配沉香，降逆温中暖肾；枳壳配黄连、瓜蒌，降胃泄热开结；旋覆花配郁金，降逆开郁凉血；旋覆花配代赭石，降胃平肝止血；丁香配白蔻，降胃温中化浊。
针对消化道黏膜直至血络受损，见呕血、便血者，选用清热止血、散瘀止血、温中止血、生肌止血之药对。如大黄炭配血余炭，清热止血；蒲黄配地榆、三七，散瘀止血止痛；黑甘草配炮姜，温中止血；蒲黄配白及，散瘀止血生肌。
既有保护胃黏膜不受侵害，又有修复胃黏膜的功效。如木蝴蝶配凤凰衣，护膜生肌；瓦楞子配乌贼骨，护膜制酸止痛；三七配白及，护膜止血消肿。
适用于慢性胃炎后期往往胃阴不足或大伤或干枯，其特征为舌光红少苔或无苔。有的患者以脾胃之气不足，甚或中气下陷为见证。如沙参配石斛、花粉，养胃阴而生津；沙参配生地黄、绿梅花，养胃阴而理气；党参配山药，补气培脾兼益肾；黄芪配白术，补气培脾兼固表。
