【原】cytoscape的十大插件之--cytoHubba插件

健明 2021-07-14

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五一劳动节，连续五天，在钉钉群直播互动授课带领大家系统性掌握cytoscape软件的使用方法和技巧！见：生信必备技能——Cytoscape

下面是cytoscape讲师的笔记

一、软件下载

cytoscape 毋庸置疑是最出名的网络可视化神器，过万的引用率是最强大的口碑，它支持的网络种类很多。比如蛋白互作（PPI）、转录调控网络图（TF-target）、网络聚类模块分析（Module）、miRNA调控靶标基因网络图、竞争性内源RNA网络（ceRNA）、通路交互网络（pathway-crosstalk）。Download Cytoscape

目前已经进化为一个平台，上面可以有成千上万的各种数据分析工具的扩展插件。包括我即将介绍的：

ls -lh /Users/jimmy/CytoscapeConfiguration/3/apps/installed/ 
-rw-r--r--  1 jimmy  staff    15M Jan 29 17:33 BiNGO-v3.0.3.jar
-rw-r--r--  1 jimmy  staff   6.6M Jan 29 17:13 Bisogenet-v3.0.0.jar
-rw-r--r--  1 jimmy  staff   7.8M Jan 29 17:37 DisGeNET-app-v6.0.2.jar
-rw-r--r--  1 jimmy  staff   3.3M Jan 29 17:27 KEGGscape-v0.8.2.jar
-rw-r--r--  1 jimmy  staff   189K Jan 29 17:15 MCODE-v1.5.1.jar
-rw-r--r--  1 jimmy  staff   246K Jan 29 17:28 WordCloud-v3.1.2.jar
-rw-r--r--@ 1 jimmy  staff    47M Jan 29 17:24 cluego-plugin-2.5.3.jar
-rw-r--r--  1 jimmy  staff    17M Jan 29 17:29 clusterMaker2-v1.3.1.jar
-rw-r--r--  1 jimmy  staff   725K Jan 29 17:11 cytoHubba-v0.1.jar
-rw-r--r--  1 jimmy  staff   135K Jan 29 17:28 enhancedGraphics-v1.2.0.jar
-rw-r--r--  1 jimmy  staff    48M Jan 29 17:40 iRegulon-v1.3.jar
-rw-r--r--  1 jimmy  staff   2.0M Jan 29 17:28 stringApp-v1.4.1.jar

这些插件的安装问题，我简单说一下，官网有个下载地址：http://apps./ 调用浏览器下载jar文件，但是需要自己移动到cytoscape的APP目录：

mv ~/Downloads/cluego-plugin-2.5.3.jar  /Users/jimmy/CytoscapeConfiguration/3/apps/installed/

上面的mac用户代码，对应Windows用户或者linux需要自行探索。（或者我们有视频直播课程，在：生信必备技能——Cytoscape ，感兴趣的可以加入学习）

推荐在这里下载cytoscape的APP：https://apps./apps/all 会自动检查自己电脑是否已经安装。

二、cytoHubba插件

1、简介

目的：先用STRING网站构建PPI网络，当存在上百个基因的对应关系时，就需要再利用插件通过拓扑网络算法给每个基因赋值，排序发现其关键基因(hub gene)和子网络
cytoHubba根据nodes在网络中的属性进行排名。它提供了11种拓扑分析方法，包括:

Degrre
Edge Percolated component
Maximum neighborhood component
Density of Maximum Neighborhood Component
Maximal Clique Centrality
six centralities(Botteleneck,EcCentricity,Closeness,Radiality,Betweenness, Stress)

那应该挑选哪种方法进行分析呢？

这篇文章 cytoHubba: identifying hub objects and sub-networks from complex interactome 对酵母菌的必需蛋白进行验证，比较不同方法得出关键基因的精确度以及任意两种评分方法中排名前100位的共同蛋白质的数量
结果：可以看出MCC方法得出来的结论是最佳的，都能得到更多且排名靠前的蛋白质。所以运用这个方法得到我们的关键基因说服力是很强的！
各种方法的具体算法这篇文章也有，我就不具体阐述啦，大家可自行去了解。
https://pubmed.ncbi.nlm./25521941