太平天国大力废除清王朝腐朽的制度和阻碍社会进步的文化，一定程度上具有积极意义。可以说太平天国运动对于封建制度的抨击是史无前例，对于延续了2000多年的封建制度是一场不小的冲击。例如各种破神运动，动摇封建依附关系的土地制度等等。但是有一说一，太平天国过于讲究莫名其妙的上帝，企图利用编造的基督文化来取代中华数千年的本土文化。这可以说是痴心妄想，也不符合历史发展的普遍规律。而曾国藩等人就是利用太平天国动摇旧世界秩序来猛烈抨击太平天国运动。
曾国藩用维护封建伦常的口号来组织湘军，这对于自认为是封建卫道士的读书人来说是非常具有煽动力的。湘军中，儒生为战将并不为奇，罗泽南、胡林翼等人就是如此。
1854年6月，两万湘军逼近岳州城。此时，林绍璋已经被杨秀清革职了。守城的是从湖北赶赴湖南增援的曾天养。于此同时，围城武昌的韦志俊得到了陈玉成部的增援，在1854年6月26日，终于攻克武昌城。当年，十八岁的陈玉成因功被提拔为殿右三十检点。检点官是太平军中仅次于丞相的职位，按编制只有三十六人。陈玉成就此进入了太平军高级将领的序列名单。
曾天养以岳州城无险可守主动退出州城，而在城北的城陵矶继续指挥阻击战。面对湘军不可一世的攻势，曾天养部太平军五战五败，但是曾天养时毫不气馁，努力寻找湘军的弱点。8月，从武汉启程增援曾天养的湖北韦志俊部太平军抵达城陵矶，上千艘战船在城陵矶严阵以待，只等湘军战船来战。
1854年8月9日，湘军总兵陈辉龙率领水师部队抵达城陵矶与太平军接战。太平军诈败向下游撤退，湘军随后急追。到达象骨港之后，因为水流湍急风力较大，湘军船只又体型较大难以腾挪转移。随即太平军伏击船只四出，对湘军展开反击。双方在江面上展开激烈战斗。太平军将士们奋勇而上，湘军虽然装备精良，但是被太平军团团包围，损失惨重。陈辉龙当场毙命。湘军水师悍将褚汝航听闻消息急忙增援。但是也被太平军击杀，湘军船炮尽丧，兵勇落水毙命者不知凡几。在曾国藩给咸丰帝的奏报中，他痛言水师损失将半，愤恨而无可奈何。
8月11日，刚刚取胜的曾天养对湘军陆师立刻发动突击。但是没料到湘军陆师悍勇无比，在接战中，曾天养意外在战斗中阵亡（韦志俊接替部队指挥）。随即其部太平军被塔齐布击溃，此战使得西征军军心大为下跌，后果颇为严重。尽管后期守卫武汉的石镇仑率领19000余人赶赴增援，但是整体士气低迷的西征军部队在与湘军的接下来战斗中始终没有起色。双方围绕阵地反复争夺，湘军极为悍勇，太平军屡攻不克。8月24日，得到增援的湘军水师现在长江上击败太平军水师部队，26日，陆上决战中太平军再次大败。韦志俊、石镇仑被迫带领部队撤退回武汉。恰逢此时，向荣率领江南大营攻打太平——采石矶一线，企图切断天京供应。杨秀清被迫下令西征军部分部队回援，这使得接下来的武汉保卫战，太平军的兵力捉襟见肘。
同年8月底，韦志俊奉杨秀清的命令，回援天京。石凤魁作为湖北方面太平军总指挥，负责抵御湘军进犯。1854年9月3日，曾国藩从岳州誓师出发，水陆大军并进，目标直指武昌。9月15日，湘军水师抵达湖北金口，此地乃是武汉的上游门户。19日，石凤魁命令部队分兵两路直取金口，企图夺回金口。但是遭到湘军的坚决抵抗，湘军水师开炮轰击。由于湘军火力凶猛，太平军败下阵来。同时，罗泽南率领陆师于11日抵达羊楼司，四川按察使胡林翼亦同时抵达。9月15日，罗泽南、胡林翼首先对太平军发动进攻。太平军营盘被冲垮，部队连续败退至崇阳一线。25日，湘军以重炮开路，轰开了崇阳县城的西门，守军抵挡不住湘军的进攻，崇阳失守。30日，罗泽南率领部队进抵咸宁。罗泽南部连战连胜，石凤魁多次派遣部队反攻，企图夺回失守的城池，但是均遭到湘军的猛烈回击。由于湘军火力极为凶猛，加上太平军此时兵力不足，10月初，湘军主力逼近武昌60里处。
于此同时，四川兵勇和荆州兵勇合计6000余人，助战湘军，亦抵达武昌外围。无奈之下，石凤魁只得下令部队放弃鄂北州县和鄂东南地区。收拢部队聚集武汉三镇，准备和湘军围绕武汉打一场硬仗。10月12日，湘军主力开始对武昌外围太平军阵地进行扫荡。塔齐布率领陆师主力向洪山发动主攻。由于湘军水师占据绝对优势，此时江面的控制权全部都在湘军手上。湘军便利用此优势，直接截断江面上太平军的浮桥，切断武昌和汉口汉阳的两地的联系。12日一天的战斗，太平军鹦鹉洲大营就被湘军全部攻陷。太平军损失极为惨重，在石凤魁的指挥下，太平军丧失了战斗的主动性，只能被动挨打。同时，湘军的猛攻使得太平军军心浮动。石凤魁巡城弹压，斩杀了数十名想偷偷缒城逃跑的将士，但是部队局势依旧不稳定。
面对危难局势，石凤魁自己首先撑不住了，他自己都觉得武昌难以守住。13日，湘军分兵三路对武汉发起进攻。李孟群率水师围攻汉阳，李续宾则攻打鲇鱼套太平军大营。一天激战下来，武汉城外的营垒全部被湘军摧毁。10月14日，石凤魁自己率领部队突围向东北方向突围出去，武昌失守，同日，汉阳失陷。太平军在武汉江面上的水师部队在撤退过程中遭到湘军水师的围追堵截，几乎全部覆灭！
咸丰帝听闻湘军攻克武昌，龙颜大悦。授命杨霈为湖广总督，赏赐曾国藩二品花翎顶戴，署理湖北巡抚职位。
武汉攻防战，太平军表现乏陈可谓。在石凤魁的消极指挥下，太平军全面被动挨打，面对3万余清军的进攻，屡战屡败。损失船只2000余艘，牺牲将士3000余人，整个武汉三镇得而复失。同时，水战方面，由于湘军水师装备的战船都是正经打造的军船。而太平军水师部队大多是一些临时征募的民船，缺乏火力配置和训练，面对湘军水师的猛烈进攻，太平军水师毫无招架之力。
听闻武汉失陷，杨秀清紧急命令秦日纲奔赴湖北前线，命令其扼守田家镇，全力堵住湘军东下的趋势。秦日纲迅速奔赴湖北前线，接替指挥权。后续杨秀清又命令豫王胡以晃、佐天候陈承瑢率领援军奔赴田家镇，支援秦日纲进行田家镇会战。
秦日纲趁清军肃清武汉附近的短暂时间之内，抓紧在田家镇构筑防御工事。阶段和封锁江面是太平军布防的重点，在北岸田家镇以东的40里之间，安设了大量火炮工事。田家镇周围更是修筑起了土城，密排火炮直指江心。同时在田家镇和对岸半壁山之间设置铁链和竹缆，将宽阔的江面全面封锁住。南北岸皆修筑大型工事，深挖壕沟并且引湖水灌入，形成天然护城河。太平军在田家镇周围聚集了四万余人，秦日纲自以为万无一失。谁料湘军不仅仅水师凶悍，陆上力量也绝对不可小觑。整个部署突出了对湘军水师的防御，却忽视了陆上力量的配置。
11月3日，塔齐布、罗泽南的南线清军率先出发，7日北路清军也从汉阳出发，11日湘军云集黄州。秦日纲随即抽调6000将士渡江南下增援兴国，但是塔齐布、罗泽南攻势凶悍，尤其是罗泽南部湘军，在兴国盐埠头与增援的太平军遭遇。太平军分三路对罗泽南进攻，结果却被罗泽南勇悍击退，次日兴国、大治均被湘军拿下。中路湘军水师进展不顺利，与太平军在蕲州耗上了。但是南路湘军进展顺利，11月18日，塔齐布进驻富池口，罗泽南逼近半壁山。整个南线防线，岌岌可危。
11月19日，罗泽南率领1800湘军合攻半壁山，守军数千人抵抗。湘军初轮攻势不力，李续宾随后增援，湘军在太平军前沿阵地营垒外大肆纵火，烧毁木桩、竹签等。11月23日，双方围绕半壁山展开决战，罗泽南带着2600湘军对半壁山发动决死冲锋。秦日纲调动2万余人，试图准备一举解决罗泽南部湘军。结果罗泽南部湘军悍勇异常，被数倍于己的太平军合围之后始终血战不退，最后竟把太平军击退。随后，湘军增援南岸。湘军发动反击，太平军被凶悍的湘军攻入半壁山阵地，损失了一千多人之后，半壁山全线失守。罗泽南随即命令部队将南北接连的铁锁、竹缆全部砍断。
是夜，韦志俊、石镇仑奉命增援秦日纲。24日，太平军渡江企图夺回半壁山，结果遭到向俊宁夹攻。塔齐布和罗泽南呼应着对太平军疯狂倾泻火力。太平军损失颇为惨重，夺取半壁山阵地的计划始终未能奏效。石镇仑也在反攻中阵亡。
曾国藩见状决定发动决战，对田家镇固守的太平军发动攻势，同时准备彻底歼灭太平军水师部队。12月2日凌晨，湘军发动攻势。由于南岸失守，秦日纲费尽心机部署的江防线全部崩溃。湘军直接突入田家镇下游，对太平军水师发动突袭，由于湘军借着风势纵火，太平军水师几乎全线奔溃，湘军一口气追到了田家镇下游30里武穴，太平军水师4500余艘战船几乎全部被焚毁。江面防线荡然无存，田家镇惨败使得太平军水师部队遭到毁灭性打击。至此以后，大江上下，太平军再也无法控制江面的主动权，而拥有精锐水师的湘军则可以横行无忌。田家镇惨败，同时使得1万多名将士丧命，10几名高级将领阵亡。太平军可谓是屋漏偏逢阴雨处，连番惨败。
田家镇会战结束之后，太平军被迫彻底放弃整个湖北，主力部队撤入安徽境内。至1854年底，湘军占据整个湖北全境。
