1 第一栏的为Ludger命名法,现在由Oxford命名法替代,后者更具优势。
2 完整命名对应表见附件
3 2020年8月7日 星期五补充及更正:
第一栏称为common name, 常用于CHO表达的mAb N-glycan的描述,因为mAb N-糖修饰位点、连接方式相对稳定,所以这个common name更简洁一些。 但对于复杂连接方式的糖型就力不从心。糖科学家更倾向使用Oxford命名法。但在图示方面有Oxford和CFG两种,前者是黑白的,后者加上颜色信息(推荐)。
Common Name 命名规则如下:
所有的N-聚糖都有两个核心的GlcNAcs。
高甘露糖聚糖被命名为ManX,其中X是两个核心GlcNAcs之后的甘露糖数目;
F是岩藻糖,F后的数字表示岩藻糖的数目。没有数字表示仅存在核心岩藻糖。
Gx是半乳糖,x是连接到两个GlcNAcs的末端Gal的数量,G0是带有两个末端GlcNAcs的双天线复合聚糖,G1是带有两个GlcNAcs和一个末端Gal的双天线复合聚糖,G2是带有两个GlcNAcs的双天线复合聚糖。和两个终端Gal;
Gx-yN表示缺少y GlcNAc,例如, G1-N是带有一个末端GlcNAc和一个末端Gal的双天线复合聚糖。
S(NeuAc)或(NeuGc)是唾液酸。(NeuAc)或(NeuGc)表示唾液酸的类型;
括号中的数字表示连接:F(6)或S(6)分别表示α1–6连接的岩藻糖或α2,6连接的唾液酸;
方括号中的数字是残基的位置,例如(3)或(6)表示残基分别在α1,3或α1,6甘露糖臂中;和
xaGal是α-1,3-连接的半乳糖,x是残基数;
Oxford命名规则如下:
所有的N-聚糖都有两个核心的GlcNAcs。
缩写词开头的F表示核心岩藻糖,(6)在F后面表示该岩藻糖是与内部GlcNAc连接的α1-6。
Mx,核心GlcNAcs上的甘露糖数量(x);
Ax,三甘露糖基核心上的天线数(GlcNAc);A2,以GlcNAcs为β1-2相连的双天线;A3,三天线,GlcNAc将β1-2与甘露糖连接,第三个GlcNAc将β1-4与β1-3连接到甘露糖;A3',三天线,带有一个GlcNAc将β1-2连接到甘露糖上,第三个GlcNAc将β1-6连接到甘露糖上;A4,GlcNAc作为A3连接,另外的GlcNAcβ1-6连接到α1-6甘露糖;
B,将GlcNAc平分,将β1-4与α1-3甘露糖连接;
Gx,天线上连接的半乳糖的数目(x),在G之后的(4)或(3)表示Gal是与β1-4或β1-3相连的;[3] G1和[6] G1表示半乳糖在α1-3或α1-6甘露糖的触角上;
Gax,天线上连接的半乳糖的数量(x);和
Sx,与半乳糖连接的唾液酸的数目(x);S后面括号中的数字3或6表示唾液酸是处于α2-3还是α2-6键。