大话cfDNA

注：本文将持续更新，上次更新时间为2019/03/14。

再注：本文提及的cfDNA如无特殊说明均指代血液中游离DNA片段。

cfDNA有多长？

血液中的游离DNA分子长短不一，主要分布在75~250bp之间。最短可能就几个bp，最长能有多长（先埋个坑放这儿，谁知道谁告诉我）。不过像无创产检（NIPT）数据分析时，一般只考虑36~600bp范围内的片段。

下面是一个典型的孕妇外周血中cfDNA片段长度分布图：

孕妇外周血中cfDNA分子长度分布图

如图所示，cfDNA分子的长度分布图就像一座陡峭的山峰，主峰分布在约120~200bp之间。关于它顶点的位置，目前没有一个统一的说法。我在读文献时，发现有些人说是166bp，有些人说是167bp。这让我感到很困惑，然而是一个非常容易测量的指标，我们来看一下产前样本中的情况：

统计约3000例孕妇外周血样本后，发现有55.7%的样本最高点位于166bp；44.3%的样本最高点位于167bp；还有1例样本166bp和167bp两点的高度相等。（哈哈，困扰学术界十几年的难题，小橙我在这里就给大家解答了。）

最高点占比情况

鉴于166bp的比例略高且超过1/2，我以后可以放心地说孕妇外周血中的cfDNA片段长度最多的为166bp。

我曾经猜想过，既然cffDNA分子相对更短，那么那些最高点为166bp的 样本可能是由于cffDNA比例高于一定值时导致的。然而从下图发现，最高点为166bp和167bp的样本的cffDNA比例有着相近的分布，并没有表现出非常大的差异。但是我们还是可以看到166bp样本的cffDNA比例略高于167bp样本，中值分别为11.86和10.6。（也许这儿需要做个假设检验，但我懒）

最高点为166bp和167bp的样本cffDNA比例分布

山峰虽然十分陡峭，但位于顶点的分子也只占总数的约2.5%。