欲做测序,先需建库。 建库,即文库制备,是指将样本处理成可被测序仪读取的DNA片段,该片段需满足一定的长度,且在两端都连接了指定的序列(锚定序列、测序引物序列、标签序列等)。 目前市面上尚未有成熟的建库自动工作站,因此建库工作基本都靠实验室人员手工操作,建库结果取决于采用的实验方案、试剂种类、熟练程度等诸多因素影响。可以毫不夸张的说,建库工作量占了整个高通量测序实验中工作量的80%,其结果直接决定了测序下机数据的好坏。 下面笔者对三种主要的建库方法(机器打断法,转座酶法,扩增法),分别进行介绍: 机器打断法,是指利用超声波将DNA破碎值一定的长度后,再通过连接酶,在DNA两侧添加接头。 对硬件依赖性: 高 一颗星 * 采用这种策略建库必须配备超声波打断仪,目前 市面上主流产品为Covaris的S220和M220。 配件和试剂成本: 高 一颗星 * 打断管,末端修复,连接酶等,市面上成熟的试剂盒较多。 每个样本建库试剂成本约需300元。 稳定性: 高 五颗星 ***** 准确性: 无GC偏好 五颗星***** 起始量: 要求起始量高 一颗星 * 全长> 50kb,浓度 20-35ng/ul,体积 130ul,A260/A280=1.8-2.0 适用性: 可适用于各种类型的建库,最常用于全基因组测 序,例如细菌基因组测序。 |
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