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高通量测序DNA样本建库方法(1):机器打断法

 微微悦明 2021-12-13

欲做测序,先需建库。

建库,即文库制备,是指将样本处理成可被测序仪读取的DNA片段,该片段需满足一定的长度,且在两端都连接了指定的序列(锚定序列、测序引物序列、标签序列等)。

目前市面上尚未有成熟的建库自动工作站,因此建库工作基本都靠实验室人员手工操作,建库结果取决于采用的实验方案、试剂种类、熟练程度等诸多因素影响。可以毫不夸张的说,建库工作量占了整个高通量测序实验中工作量的80%,其结果直接决定了测序下机数据的好坏。

下面笔者对三种主要的建库方法(机器打断法,转座酶法,扩增法),分别进行介绍:

机器打断法,是指利用超声波将DNA破碎值一定的长度后,再通过连接酶,在DNA两侧添加接头。

对硬件依赖性:    高    一颗星   *

采用这种策略建库必须配备超声波打断仪,目前 市面上主流产品为Covaris的S220和M220。 

配件和试剂成本: 高   一颗星 *

打断管,末端修复,连接酶等,市面上成熟的试剂盒较多。

每个样本建库试剂成本约需300元。

稳定性:     高     五颗星 *****     

准确性:  无GC偏好  五颗星*****

起始量:   要求起始量高  一颗星 *  

全长> 50kb,浓度 20-35ng/ul,体积 130ul,A260/A280=1.8-2.0

适用性:    可适用于各种类型的建库,最常用于全基因组测 序,例如细菌基因组测序。

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