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基因组平均遗传相似度(Average nucleotide identity，ANI)是指两细菌个基因组之间同源基因的相似性。 ANI 值可以通过两种运算方法得出：一种是以MUMmer 运算法则为基础(ANIm)；另一种是以BLASTn 方法为基础(ANIb)，相比之下后者应用更为广泛。普遍认为亲缘关系较近的种群间ANI值至少为70%−75%，而定义一个种的ANI 值需要达到95%−96%以上，并且引起人们关注的是这些ANI 的数值与“金标准”——DDH 有紧密的对应关系。 ANI 具有方便、耗费工作量少、错误率低、分辨率高的优点，近年来得到了微生物分类学家们的青睐。 Zhang 及其研究团队通过计算比较1 226 个细菌菌株全基因组序列间的ANI 值后，发现处于同一种的菌株间ANI 为93.6%，同一属的菌株间ANI值为83.6%，而同一科菌株间ANI 为78.9%。作者认为在测序技术快速发展的这一机遇下ANI 可以同时用于可培养和不可培养微生物的种属鉴定中。Kim 等通过研究6 787 个基因组序列样本以期确定16S rRNA 基因序列相似性的值和ANI 值之间的相关性，发现用来区分两个不同种的98.65%的16S rRNA基因相似性值与95%−96%的ANI 值相对应。在这一方法良好准确性的前提下，ANI 在解决微生物分类的实际问题中发挥着重大的作用。 目前已有各类成熟的ANI 值的计算工具，比如本地运算软件Jspecies (http://www.imedea./jspecies) ，Gegenees (http://www./documentation.html) 和在线计算工具ANI caculator (http:/enveomics.gatech.edu/) ， EzGenome (http://www./ezgenome/ani)和ANItools (http://ani./ ). ANItools：为中国疾控中心传染病所研发并维护的可用于种属水平上细菌基因组ANI计算的在线工具，并提供图形化的结果展示。 为了方便疾控系统科研人员的使用，我们还在微生物数据分析云平台(https://analysis./)提供了另一款分析流程ANI，该工具可以提供两个细菌基因组一对一的比对和ANI值的计算，提供了直观的数值化的两个细菌基因组之间的遗传差异值。菌株完全相同时，ANI值为1。随着遗传差异的逐渐增加，ANI值逐渐降低。 是不是和16S很像？ 没想到细菌基因组，也是可以如此直接~ 你要不要来试试看呢？ |
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