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Kim D, Hofstaedter C E, Zhao C, et al. Optimizing methods and dodging pitfalls in microbiome research[J]. Microbiome, 2017, 5(1):52. 微微碎碎念：高通量测序实验一直以数据量大和敏感度高著称，相对应的实验过程中污染因素也同样会对NGS结果造成影响。之前笔者一直注重于实验室各环节的控制，在本文的阅读中才惊觉另一个污染的可能性，即试剂盒本身所携带的污染，在该文中被称为kitome。 如下图所示，即使是Blank空白样本也同样存在16S扩增序列结果（由试剂盒污染所导致的）；而使用不同的试剂盒，空白样本所产生的16S菌群结构是不一样的，进一步证实了实验试剂盒污染的可能性。且biomass低的样本受污染影响更大。 本文作者采取了空白拭子(Blank swab，直接用无菌拭子进行DNA提取及后续工作)、空白提取(Blank extraction，直接用无菌水进行下步DNA提取工作及建库测序)、空白文库（Blank library，直接用无菌水建库及测序）三种方法评估试剂盒污染所引入的步骤（很有趣的设计！）。结果发现，实验各阶段都可能存在不同情况的污染。 如下图所示，无论是何种negative control都有16S扩增结果，对应了不同的菌。 同样的污染因素，不仅存在于16S测序结果中，也存在于WGS测序结果中。如图所示，采用不同试剂盒的空白样本，都可检测出一定的细菌DNA，且组成成分不同，很有可能是由于不同的试剂盒污染导致。 |
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