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Bian G, Gloor G B, Gong A, et al. The Gut Microbiota of Healthy Aged Chinese Is Similar to That of the Healthy Young.[J]. Msphere, 2017, 2(5):e00327-17. 今天分享的这篇文章发表于2017年的Msphere杂志 关键字：肠道菌群、老年、大队列、16S、测序 小编简单的把文章内容翻译一下 “相比于年轻人的肠道菌群，老年人群的肠道菌群研究相对较少。在本项目中，研究者对年龄在3~>100岁跨度的一千余名中国健康志愿者进行采样和研究。利用16S rRNA宏基因组方法，对不同年龄组别的肠道菌群进行比对。在本研究中，研究者发现，（1）老年健康组的肠道菌群与更年轻的组别的健康人肠道菌群非常相似；（2）20岁之前的年少组别的人群肠道菌群差异更大；（3）在30岁~>100岁各年龄组间，菌群差异不大；（4）男性志愿者比女性志愿者的菌群结构差异更大。” 样本来源：基于年龄共分为8个组。每个组采集自不同的地域。男性和女性样本数基本持平。 注：略微有些遗憾的是，可能是由于采样渠道的限制，Young Soldier这一组仅来自于兰州一地。其他的七个年龄组也全部来自于同属于江苏的镇江、苏州、南通三地。采样略为集中。但瑕不掩瑜，能开展千人以上的大规模研究已经很不容易了。 入组标准： 健康人，调查方法：自述 无吸烟史，无饮酒史，血压稳定，无疾病，过去三月内无抗生素治疗，无个人和家族病史，父母和祖父母皆为80岁后过世。 注：入组标准可谓是非常严格。据文中所述约97%~99%的调查人群不符合要求。较为缺憾的是，如果能有志愿者的医学资料作为辅证就更完美了，例如病历或体检报告等，仅靠志愿者口述，信息准确度较难把控。 实验方法： （1）采样：发放采样盒，志愿者自采集。定点收集后集中处理。-80度保存。 （2）DNA提取： Power Soil DNA Isolation Kit （3）测序：16S v4区扩展 （515f/806r） Miseq PE300测序平台测序 注：略为遗憾的是没有采取分辨率更高的v3-v4区扩增。 （4）分析：所有样本按照统一的分析流程处理。分析方法详细说明： http://github.com/ggloor/miseq_bin 先不说结论，从整个实验设计来说，可谓是赏心悦目，突出“标准” 入组标准严格，人群分组合理，男女比例均一，实验方法流程化，分析策略标准化，每个环节都控制的非常到位。可谓是非常优秀的一个科研项目，一百个赞 值得小编在自己的工作中好好学习，也借此和各位同好分享。 关于该文章的具体结果，感兴趣的可以点击“阅读全文”了解。 这里仅用几张图略为简述 （1）各年龄组PCA分析 （2）随年龄增加shannon指数的变化 （3）各年龄组间特定菌属的差异情况 每一天获得一点微小的收获和进步。小确幸的科研也很好。与君共勉！ |
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