【ASCO 2021连连看】燃石成果分享，检测方法学篇

    导语    

在肺癌诊疗当中，融合/剪切变异是重要靶向治疗靶点，基于燃石医学内部数据库统计结果显示，非小细胞肺癌中具有靶向药物治疗的融合/剪切变异约为15%。DNA-seq作为指导肿瘤治疗决策的有效检测方法之一，其价值意义已经得到了充分的认可，并广泛的应用于临床。而对于融合/剪切变异的检测，RNA-seq则拥有着得天独厚的优势：一方面基于RNA层面进行检测可避免DNA-seq技术局限性所造成的漏检，另一方面RNA-seq可以更为直观的分析转录组上真实产生的融合体并判断其生物学功能，为分析融合产物的表达与否提供更为直观的证据。

目前，NCCN非小细胞肺癌指南推荐对于多基因panel检测未检出驱动基因变异的患者（尤其是从不吸烟者），可考虑进行RNA-seq，以实现融合/剪切变异的最大程度检出。燃石医学和上海胸科医院病理科韩昱晨教授团队合作，在DNA-seq未检出驱动基因变异的肺癌样本中，进行了RNA-seq验证，以探索RNA-seq在DNA-seq阴性样本中的临床价值。该研究成果近期以POSTER的形式收录至今年ASCO会议。

Abstract #3052 Poster Session

肺腺癌中RNA测序可以有效识别DNA测序未检出的基因融合

RNA sequencing effectively identifies gene fusions undetected by DNA sequencing in lung adenocarcinomas

合作单位

上海市胸科医院病理科韩昱晨教授团队

研究内容

纳入DNA-seq未检出驱动基因变异的肺腺癌组织样本，并将其分为两个队列：发现队列（219例，最大突变丰度≥5%）、验证队列（100例）。所有样本进行RNA-seq检测（燃石OncoRNA panel），旨在评估RNA-seq在DNA-seq未检出驱动基因变异的肺腺癌组织样本中的检测性能。

研究结果

· 在发现队列中，166例样本的RNA-seq检测结果进入最终分析：共检测出44例基因变异（26.5%），包含40例基因融合（24.1%），1例MET 14号外显子跳读（0.6%），3例其它基因可变剪切变异（1.8%）；其中有14例为潜在可靶向治疗的基因变异（8.4%）。

· 在验证队列中，69例样本的RNA-seq检测结果进入最终分析：共检测出22例基因变异（31.9%），其中有7例为可靶向/潜在可靶向治疗的基因变异（10.1%），包括3例ROS1融合、2例ALK融合、1例EGFR融合以及1例MET融合。

· 综合分析结果显示：DNA-seq panel对于融合断点发生位置的覆盖程度会影响基因融合的检出，此外DNA层面发生了复杂的基因组融合或融合断点位置涉及内含子中的重复序列也可能会造成影响。

研究亮点

该研究证实了靶向RNA-seq可有效识别DNA-seq未检出的基因融合，为肺腺癌患者提供更多的靶向治疗机会。因此，对于DNA-seq未检测出驱动基因变异的肺腺癌患者推荐进行RNA-seq检测。

随着二代测序（NGS）技术的发展，DNA-seq的临床价值已经得到了充分的认可——能够有效检出全部的基因变异形式（突变、插入、缺失、融合）以及免疫标记物MSI、TMB，从而帮助临床医生制定个体化治疗决策，并可动态监控疾病进展，满足疾病精准全程管理的需求。

在融合/剪切变异方面，燃石自主研发的利用RNA-Capseq创新技术，可有效克服由于DNA检测无法覆盖内含子导致的漏检，验证融合是否表达，帮助癌症患者准确检出所有用药相关的变异类型，全面匹配精准治疗方案。

2021年3月1日，燃石医学正式上市实体瘤患者DNA+RNA双检测产品—OncoScreen Mate，双剑合璧，优势互补。搭配燃石自主研发的生物信息学算法，可最大程度上提高可用药靶点的检出率，给患者带来更多的治疗选择。

参考文献

[1] ASCO 2021 POSTER（Abstract #3052）

[2] NCCN临床实践指南：非小细胞肺癌（2021.V4）

关于燃石医学

燃石医学（纳斯达克代码：BNR）成立于2014年，公司使命为“用科学守护生命之光”，专注于为肿瘤精准医疗提供具有临床价值的二代基因测序（NGS）。公司业务及研发方向主要覆盖：1）基于NGS的肿瘤患病人群检测，累计检测样本超过27万例，在中国拥有领先的市场份额；2）基于NGS的癌症早检，目前已经进入临床验证阶段。燃石医学于2018年7月获国家药品监督管理局（NMPA）颁发的中国肿瘤NGS检测试剂盒第一证，在体外诊断领域具有里程碑式意义。位于中国广州的实验室通过广东省临检中心颁发的“高通量测序实验室”技术审核，获得美国CLIA和CAP实验室质量体系资质认证；位于美国加利福尼亚州的实验室也已获得CLIA和CAP实验室质量体系资质认证。公司将继续致力于开发创新可靠的NGS检测产品，推动肿瘤精准医疗领域的发展。